中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）竞争行为相关基因的筛

发布时间：2022-11-03 23:45

　　中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）肉质鲜美、个体较大,具有较高的经济价值,是我国重要的养殖虾类。在养殖中表现出较强的竞争行为,对其生长、存活性能及群体整齐度产生了较大的影响。然而目前为止尚不清楚其发生的分子机制,在竞争过程中发挥作用的基因有哪些。因此,本文利用分子生物学方法和技术,筛选、获得与竞争性强弱相关的基因,将为改良对虾的竞争能力提供理论依据和分子基础。1.在竞争环境下基于转录组筛选中国明对虾的差异表达基因在不同的竞争刺激环境下,选择竞争行为性状差异明显的中国明对虾2017G12世代同一家系的18尾个体,通过设置三种不同环境条件的处理组,即竞争能力差异显著的个体混合养殖少量投喂组（MHL vs MHS）、竞争能力差异显著的个体独立养殖足量投喂组（SCL vs SCS）和竞争能力差异显著的个体独立养殖少量投喂组（SHL vs SHS）,利用Illumina Hiseq 2500对其进行测序分析,共获得94,092条Unigenes,其中78.08%的Unigenes在Nr数据库中有注释,77.04%的Unigenes在GO数据库中有注释。通过比较分析,跟... 

【文章页数】：86 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中国明对虾竞争行为概述
    1.2 基因测序技术概述
        1.2.1 第1代测序技术
        1.2.2 第2代测序技术
        1.2.3 第3代测序技术
        1.2.4 第4代测序技术
    1.3 基因克隆概述
    1.4 竞争相关基因的研究现状
        1.4.1 钙调神经磷酸酶基因
        1.4.2 钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶互作蛋白基因
        1.4.3 小结
    1.5 研究目的及意义
第二章 基于比较转录组对中国明对虾竞争行为相关候选基因的筛选
    2.1 实验材料
        2.1.1 中国明对虾竞争效应实验
        2.1.2 定量分析取样实验
    2.2 实验方法
        2.2.1 总RNA的提取及c DNA的合成
        2.2.2 数据分析
            2.2.2.1 测序原始数据组装
            2.2.2.2 转录组数据注释
            2.2.2.3 差异表达分析
            2.2.2.4 差异基因GO/KEGG富集分析
        2.2.3 转录组数据验证
    2.3 结果分析
        2.3.1 测序原始数据组装
        2.3.2 转录组数据注释
        2.3.3 差异表达基因筛选
        2.3.4 差异基因GO富集分析
        2.3.5 差异基因KEGG富集分析
        2.3.6 Real time RT-PCR验证转录组数据
    2.4 讨论
第三章 中国明对虾calcineurin基因的克隆及其在竞争行为中作用的初探
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 实验方法
            3.1.2.1 CN基因开放阅读框的验证
            3.1.2.2 总RNA的提取及c DNA的合成
            3.1.2.3 CN-B基因的RACE克隆
        3.2.4 FcCN-A和 FcCN-B cDNA序列的生物信息学分析
        3.2.5 FcCN-A和 FcCN-B的表达定量分析
    3.2 结果分析
        3.2.1 CN基因ORF序列的验证结果
        3.2.2 基因克隆与生物信息学分析
        3.2.3 FcCN-A和 FcCN-B基因的同源性分析
        3.2.4 FcCN-A和 FcCN-B基因的系统进化分析
        3.2.5 FcCN-A和 FcCN-B编码蛋白三级结构的预测
        3.2.6 FcCN-A和 FcCN-B基因在竞争强弱不同对虾中不同组织的定量分析
    3.3 讨论
第四章 中国明对虾Caskin-2 基因的克隆及其在竞争行为中作用的初探
    4.1 材料和方法
        4.1.1 实验材料
        4.1.2 总RNA的提取
        4.1.3 FcCK基因开放阅读框的验证
        4.1.4 FcCK基因的RACE克隆
        4.1.5 FcCK cDNA序列的生物信息学分析
        4.1.6 FcCK的表达定量分析
    4.2 结果分析
        4.2.1 FcCK基因ORF序列的验证结果
        4.2.2 基因克隆与生物信息学分析
        4.2.3 FcCK基因的同源性分析
        4.2.4 FcCK基因的系统进化分析
        4.2.5 FcCK编码蛋白三级结构的预测
        4.2.6 FcCK基因在竞争强弱不同对虾中不同组织的定量分析
    4.3 讨论
第五章 小结
参考文献
硕士期间发表的论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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[3]浅析PCR技术中使用的DNA聚合酶[J]. 张立华,刘莉平.  生物学教学. 2015(09)
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硕士论文
[1]调控杏果实花色素苷合成MYB转录因子的克隆及表达分析[D]. 刘羽.西南大学 2018
[2]日本三角涡虫Djwnt1基因的克隆及再生过程中的表达分析[D]. 孙璐.山东师范大学 2012
[3]天府肉羊部分生产性状的遗传参数估计及生长规律研究[D]. 刘泽辉.四川农业大学 2006



本文编号：3700848