前列腺癌对多西他赛耐药相关基因的生物信息学分析

发布时间：2023-02-05 15:12

　　目的:利用生物信息学分析前列腺癌(prostatecancer,PCa)对多西他赛耐药基因表达谱芯片,寻找PCa对多西他赛耐药发生的关键基因。方法:从GEO数据库下载PCa对多西他赛耐药基因芯片数据GSE33455,其中包括2个对多西他赛敏感和2个对多西他赛耐药的细胞系,利用R软件及affy、limma、ggplot2等R软件包进行差异表达基因筛选,结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能通路富集分析和调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行Hub基因筛选。通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,获取关键基因。结果:共筛选出PCa对多西他赛耐药差异表达基因193个,其中表达上调基因24个,表达下调基因169个,对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,利用STRING在线生物信息学工具构建PPI网络,使用Cyt...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 获取差异基因
        1.2.2 差异表达基因的GO富集分析和KEGG通路富集分析
        1.2.3 差异表达基因的PPI网络分析
        1.2.4 Oncomine数据库中提取hub基因在PCa中的表达数据并进行Meta分析
2 结果
    2.1 PCa对多西他赛耐药差异表达基因筛选
    2.2 差异表达基因的GO富集分析和KEGG通路富集分析结果
    2.3 差异表达基因的PPI网络分析结果
    2.4 Oncomine数据库hub基因分析及Meta分析结果
3 讨论



本文编号：3735197