外泌体相关RNA结合蛋白基因通过参与先天免疫对肝细胞癌发展的可能性影响研究

发布时间：2023-02-06 12:38

　　目的:探讨外泌体相关RNA结合蛋白在肝细胞癌(HCC)中的可能功能。方法:对肿瘤微环境(TM)和生理微环境(PM)组织进行RNA测序(RNA-seq)和生物信息学分析,探讨外泌体相关RNA结合蛋白差异表达基因的生理功能,并用RT-qPCR验证实验结果。结果:在TM和PM之间发现69个参与免疫反应的外泌体相关RNA结合蛋白差异表达基因。经功能富集显示,它们共参与了12个生物学程序(BP)、4个细胞组分(CC)、1个信号通路(KEGG)和3个蛋白位点序列特征(UP-SEQ)。进一步分析发现,功能主要聚集在免疫应答,尤其是先天免疫,还有参与补体激活经典途径、炎性反应等。另外引起基因多态性的SNV分析发现,这些差异表达基因的SNV与基因表达呈负相关。结论:在TM和PM中外泌体相关RNA结合蛋白基因存在差异表达,生物信息学显示其可能涉及到多个生物学过程,且可能通过参与先天免疫影响HCC发展。

【文章页数】：4 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 肝癌小鼠模型的构建及样本获取:
    1.2 RNA提取及RNA-seq:
    1.3 筛选出在两类样本中差异表达的RNA结合蛋白基因:
    1.4 参与先天免疫反应的外泌体相关RNA结合蛋白基因的获取及功能分析:
    1.5 参与先天免疫反应的外泌体相关RNA结合蛋白基因的SNV和INDEL分析:
    1.6 参与先天免疫反应的外泌体相关RNA结合蛋白基因编码蛋白的互作分析:
    1.7 差异表达基因的RT-qPCR验证:
2 结果
3 讨论



本文编号：3736014