香蕉MaHY5基因密码子的偏好性分析

发布时间：2023-03-14 20:54

　　为了解香蕉MaHY5基因密码子的使用特性,本研究利用生物信息学工具,分析了香蕉MaHY5基因的密码子使用偏好性,并分别与其它31个物种的HY5基因以及模式生物基因组进行比较。结果显示,香蕉MaHY5基因密码子选择偏好性弱且偏好以G/C结尾;自然选择的作用对香蕉MaHY5密码子偏性影响最大;多数双子叶植物HY5密码子可能偏好A/T结尾,而单子叶植物HY5密码子可能偏好G/C结尾;基于HY5的CDS序列聚类结果比密码子使用频率分类结果更能反映物种间的进化规律;大肠杆菌原核表达系统更适用于香蕉MaHY5的异源表达试验,拟南芥可能为香蕉MaHY5转基因的最为理想受体。本研究分析了香蕉MaHY5基因及其他物种中HY5基因的密码子偏好性与进化关系,同时筛选最适合MaHY5基因异源表达宿主及遗传转化受体,为深入探究MaHY5基因的功能提供理论基础。

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【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 香蕉Ma HY5基因的密码子使用偏好性分析
        1.1.1 香蕉Ma HY5有效密码子数及GC含量
        1.1.2 香蕉Ma HY5基因同义密码子的相对使用频率
    1.2 不同物种间Ma HY5基因密码子使用偏好性比较
        1.2.1 HY5基因的ENc、CAI及GC含量分析
        1.2.2 HY5基因CDS序列及RSCU值的相关聚类分析
        1.2.3 HY5基因中性绘图分析
        1.2.4 HY5基因ENc与GC3值绘图分析
    1.3 香蕉Ma HY5基因遗传转化受体系统选择
2 讨论
    2.1 香蕉Ma HY5密码子的偏好性
    2.2 香蕉Ma HY5的同源比较
    2.3 香蕉Ma HY5异源表达和遗传转化受体系统的选择
3 材料与方法
    3.1 序列数据来源
    3.2 数据统计分析
作者贡献



本文编号：3762731