肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

发布时间：2023-04-26 04:33

　　目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相...

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 基因芯片数据的获取
    1.2 差异表达基因分析
    1.3 GO功能注释和KEGG通路富集
    1.4 PPI网络的构建及模块分析
    1.5 关键枢纽基因的验证和生存分析
    1.6 统计学方法
2 结果
    2.1 ccRCC组织与正常肾组织之间的差异表达基因
    2.2 差异表达基因的GO功能注释和KEGG通路富集分析
    2.3 PPI网络的构建及关键枢纽基因的筛选
    2.4 关键枢纽基因的验证和生存分析
3 讨论



本文编号：3801752