文昌鱼免疫相关基因演化及表达谱研究
发布时间：2023-05-06 04:56
文昌鱼是一类现存的基部脊索动物,隶属头索动物亚门、文昌鱼纲、文昌鱼目、文昌鱼科。现存文昌鱼主要由Branchiostoma、Epigonichthys和Asymmetron 3个属组成,其中Branchiostoma的种类最多。文昌鱼被广泛作为头索动物和脊椎动物的共同祖先“代理人”,是研究脊索动物起源演化相关科学问题的理想材料,包括比较免疫和演化发育生物学等。当前,随着多种文昌鱼的基因组和转录组被测序,很多有待解决的科学问题和感兴趣的研究将得以被开展,例如基于大组学数据的文昌鱼分子系统发育学研究、文昌鱼全基因组范围的免疫相关基因序列及表达分析等。此外,还能基于这些海量遗传学资源,开发文昌鱼研究中常用的资源和工具,促进相关领域的发展,如分子标记开发、实时荧光定量PCR分析中(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)内参基因筛选和各类探针的设计等。现存文昌鱼种类相比于其他动物类群,物种数量少、分类单位和多样性并不复杂,但文昌鱼不同种类之间形态非常相近,且不同种类的文昌鱼在全世界分布较为分散,因此文昌鱼的系统分类是一项比较有挑战性的工作。再加之文昌鱼为脊椎动物和...
【文章页数】：141 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 文昌鱼概况
1.1 文昌鱼的发现和分布概况
1.2 文昌鱼的生活习性
1.3 文昌鱼成体的结构
1.4 文昌鱼的生长发育
2 文昌鱼的分子系统发育学
2.1 文昌鱼的进化地位
2.2 文昌鱼的分子系统发育关系
3 文昌鱼的免疫学研究
3.1 组织和细胞水平的免疫学研究
3.2 基因表达水平的免疫学研究
4 文昌鱼的人工养殖及其价值
5 本学位论文的研究思路、研究目的及意义
第二章 文昌鱼分子系统发育及免疫相关基因演化特征
1 前言
2 材料和方法
2.1 样品和转录组测序
2.2 从头组装、基因集矫正和功能注释
2.3 直系同源基因调取及系统发育关系重建
2.4 分歧时间推测
2.5 分子进化分析
3 结果
3.1 测序、组装、基因矫正和注释
3.2 文昌鱼基因进化速率和分子系统发育关系
3.3 文昌鱼物种分歧时间推测
3.4 文昌鱼物种间结构域的进化和基因功能分析
3.5 文昌鱼物种间快速进化基因鉴定及功能分析
4 讨论
5 小结与展望
第三章 文昌鱼不同发育阶段和组织实时荧光定量PCR内参基因筛选
1 前言
2 材料和方法
2.1 试验样品收集
2.2 RNA纯化和cDNA合成
2.3 备选内参基因和目的基因的鉴定
2.4 内参基因选择、引物设计及扩增效率评估
2.5 qRT-PCR分析
2.6 备选内参基因表达稳定性评估
2.7 确定候选内参基因表达的稳定性
3 结果
3.1 引物可行性确定和基因表达谱描述
3.2 内参基因在不同发育阶段中表达稳定性评估
3.3 内参基因在不同组织中表达稳定性评估
3.4 内参基因在LPS免疫的文昌鱼三个不同组织中表达稳定性评估
3.5 确定每个实验条件下最适标准化因子数量
3.6 文昌鱼不同发育阶段内参基因可行性验证
4 讨论
5 小结与展望
第四章 LPS免疫刺激下文昌鱼基因表达谱的时间动态变化研究
1 前言
2 材料和方法
3 结果
3.1 基因组指导的比对分析
3.2 差异表达基因的观察
3.3 差异表达基因的GO和KEGG富集分析
3.4 时间特异表达基因的鉴别
3.5 时间特异表达基因的GO和KEGG富集分析
3.6 qRT-PCR确认基因表达谱
4 讨论
5 小结与展望
第五章 poly(I:C)免疫刺激下文昌鱼miRNA的鉴定及表达谱研究
1 前言
2 材料和方法
2.1 B.belcheri样品采集和病毒模拟物刺激
2.2 RNA提取、文库构建和深度测序
2.3 B.belcheri miRNA的数据处理和鉴定
2.4 在pIC免疫条件下差异表达miRNA的鉴定
2.5 差异表达miRNA的目标基因预测和功能富集分析
2.6 miRNA深度测序数据确认
3 结果
3.1 小非编码RNA分析
3.2 B.belcheri保守和新miRNA鉴定
3.3 免疫应答miRNA的鉴定和qRT-PCR验证
3.4 免疫应答miRNA的靶基因预测和功能富集分析
3.5 免疫相关KEGG通路中的靶基因分析
4 讨论
5 小结与展望
全文总结及创新点
参考文献
已发表论文
致谢
本文编号：3809070
【文章页数】：141 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 文昌鱼概况
1.1 文昌鱼的发现和分布概况
1.2 文昌鱼的生活习性
1.3 文昌鱼成体的结构
1.4 文昌鱼的生长发育
2 文昌鱼的分子系统发育学
2.1 文昌鱼的进化地位
2.2 文昌鱼的分子系统发育关系
3 文昌鱼的免疫学研究
3.1 组织和细胞水平的免疫学研究
3.2 基因表达水平的免疫学研究
4 文昌鱼的人工养殖及其价值
5 本学位论文的研究思路、研究目的及意义
第二章 文昌鱼分子系统发育及免疫相关基因演化特征
1 前言
2 材料和方法
2.1 样品和转录组测序
2.2 从头组装、基因集矫正和功能注释
2.3 直系同源基因调取及系统发育关系重建
2.4 分歧时间推测
2.5 分子进化分析
3 结果
3.1 测序、组装、基因矫正和注释
3.2 文昌鱼基因进化速率和分子系统发育关系
3.3 文昌鱼物种分歧时间推测
3.4 文昌鱼物种间结构域的进化和基因功能分析
3.5 文昌鱼物种间快速进化基因鉴定及功能分析
4 讨论
5 小结与展望
第三章 文昌鱼不同发育阶段和组织实时荧光定量PCR内参基因筛选
1 前言
2 材料和方法
2.1 试验样品收集
2.2 RNA纯化和cDNA合成
2.3 备选内参基因和目的基因的鉴定
2.4 内参基因选择、引物设计及扩增效率评估
2.5 qRT-PCR分析
2.6 备选内参基因表达稳定性评估
2.7 确定候选内参基因表达的稳定性
3 结果
3.1 引物可行性确定和基因表达谱描述
3.2 内参基因在不同发育阶段中表达稳定性评估
3.3 内参基因在不同组织中表达稳定性评估
3.4 内参基因在LPS免疫的文昌鱼三个不同组织中表达稳定性评估
3.5 确定每个实验条件下最适标准化因子数量
3.6 文昌鱼不同发育阶段内参基因可行性验证
4 讨论
5 小结与展望
第四章 LPS免疫刺激下文昌鱼基因表达谱的时间动态变化研究
1 前言
2 材料和方法
3 结果
3.1 基因组指导的比对分析
3.2 差异表达基因的观察
3.3 差异表达基因的GO和KEGG富集分析
3.4 时间特异表达基因的鉴别
3.5 时间特异表达基因的GO和KEGG富集分析
3.6 qRT-PCR确认基因表达谱
4 讨论
5 小结与展望
第五章 poly(I:C)免疫刺激下文昌鱼miRNA的鉴定及表达谱研究
1 前言
2 材料和方法
2.1 B.belcheri样品采集和病毒模拟物刺激
2.2 RNA提取、文库构建和深度测序
2.3 B.belcheri miRNA的数据处理和鉴定
2.4 在pIC免疫条件下差异表达miRNA的鉴定
2.5 差异表达miRNA的目标基因预测和功能富集分析
2.6 miRNA深度测序数据确认
3 结果
3.1 小非编码RNA分析
3.2 B.belcheri保守和新miRNA鉴定
3.3 免疫应答miRNA的鉴定和qRT-PCR验证
3.4 免疫应答miRNA的靶基因预测和功能富集分析
3.5 免疫相关KEGG通路中的靶基因分析
4 讨论
5 小结与展望
全文总结及创新点
参考文献
已发表论文
致谢
本文编号：3809070
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3809070.html
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