基于转录组测序的木薯性别决定相关基因挖掘

发布时间：2023-05-13 01:22

　　【目的】明确木薯不同性型花的转录组差异,为深入研究木薯多开雌花和两性花及协调木薯性别比例提供理论参考。【方法】以木薯雄蕾、雌蕾和两性蕾为供试材料,采用Illumina HiSeqTM4000测序平台对其进行转录组测序,通过生物信息学对转录本进行比较分析,预测和筛选出木薯性别决定相关基因。【结果】通过转录组分析获得高质量序列(Clean reads)64189053个,高质量碱基19.29 Gb。3种花蕾的GC含量均在43.00%左右、Q30均在95.00%左右。木薯雄蕾、雌蕾和两性蕾的Clean reads总数分别为42642272、42172402和43563432条,其中,参考基因组和单端的比对率均在77.00%左右、多位置比对率均小于0.80%,正、负链比对率均在39.00%左右;约有90.00%的序列定位于外显子,仅有5.00%的序列定位于内含子或基因间区。在雄蕾—雌蕾(前者是对照,后者是处理,下同)、雄蕾—两性蕾和雌蕾—两性蕾3个对比组中分别筛选到3629、2499和2492个差异表达基因(DEGs),注释到GO功能数据库中的DEGs分别为2544、1749和1807个,其中...

【文章页数】：12 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 样品采集
    1.3 RNA提取、文库构建及测序
    1.4 数据分析
    1.5 差异表达基因（DEGs）筛选
    1.6 统计分析
2 结果与分析
    2.1 木薯花蕾测序数据及质量分析结果
    2.2 木薯不同花蕾间的DEGs分析结果
        2.2.1 DEGs的GO功能富集分析结果
        2.2.2 DEGs的KEGG信号通路富集分析结果
        2.2.3 DEGs的COG功能注释分析结果
    2.3 木薯性别决定关键基因筛选结果
        2.3.1 不同花性型激素相关且差异表达显著基因分析结果
        2.3.2 不同花性型差异表达显著转录因子基因分析结果
3 讨论
4 结论



本文编号：3815012