甘蔗近缘野生种蔗茅EfGRAS基因克隆及表达分析

发布时间：2023-10-03 21:50

　　为深入挖掘甘蔗品种的抗旱性能,本研究挑选甘蔗品种中参与调控抗旱机制的主要转录因子GRAS的基因进行表达分析。从转录组数据库中调取GRAS转录因子基因序列信息,采用RACE-PCR和qRT-PCR技术从‘蔗茅99-2’中克隆得到1个GRAS基因,将其命名为EfGRAS(GenBank登录号MT499789),并对其进行生物信息学分析与干旱胁迫表达分析。结果表明,EfGRAS基因编码547个氨基酸,CDS全长1644 bp,该蛋白的分子式为C2645H4149N747O816S21,相对分子质量为60.14 kDa,不稳定系数为54.85,脂肪系数为84.37,GRAVY值为-0.293,是一类不稳定蛋白和亲水蛋白;亚细胞定位表明其位于细胞核内,EfGRAS蛋白主要的二级结构是α-螺旋和无规则卷曲,与高粱亲缘关系最近;qRT-PCR分析显示,受到干旱胁迫后,‘蔗茅99-2’中基因表达量相比于对照组上调约57.6倍,‘滇蔗01-58’中基因表达量相比于对照上调约27.4倍,‘崖城89-9’中基因表达量相比于对照组上调倍数较低。本研究结果为进一步研究EfGRAS基因在甘蔗中的功能提供理论基础。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 总RNA提取及c DNA链合成
        1.2.2 引物设计及基因表达分析
        1.2.3 Ef GRAS基因克隆
        1.2.4 Ef GRAS基因生物信息学分析
2 结果与分析
    2.1 RNA的检测结果
    2.2 Ef GRAS基因克隆
    2.3 Ef GRAS基因生物信息学分析
        2.3.1 Ef GRAS转录因子的氨基酸组成及理化性质分析
        2.3.2 Ef GRAS蛋白亲疏水性及保守结构域
        2.3.3 Ef GRAS蛋白亚细胞定位及序列比对分析
        2.3.4 E f G R A S
    2.4 Ef GRAS基因在干旱胁迫下的定量表达分析
3 讨论
    3.1 Ef GRAS基因表达量分析
    3.2 Ef GRAS转录因子抗旱性克隆分析



本文编号：3850711