龙葵果实转录组测序及类黄酮积累相关基因的鉴定

发布时间：2023-10-13 20:50

　　龙葵(Solanum nigrum Linn)是一年生茄科(Solanaceae)草本植物,广泛分布于亚洲,欧洲,美洲的温带至热带地区。全草可入药,在中国可作为一类药用植物而被使用,具有清热解毒和活血消肿的功效,临床上对于水肿、跌打损伤以及慢性气管炎等疾病症状有一定的改善效果。龙葵果实中含有丰富的黄酮类化合物,并且不同生长阶段的果实中黄酮类化合物的含量有较大的差异。由于缺乏基因组的信息,龙葵中类黄酮生物合成及积累的机制尚不明确,本文分别选取了龙葵的未成熟果实(青绿色)和成熟果实(紫黑色)为研究对象,对这两种不同生长状态的龙葵果实进行转录组测序,深入分析类黄酮生物合成相关基因的表达水平。本研究为黄酮类化合物在龙葵果实中的积累提供了重要的信息,提高了我们对龙葵果实中黄酮类化合物生物合成的分子机制的认识。同时,高深度的转录组de novo测序产生了大量的生物信息,为龙葵的分子机制研究提供了宝贵的资源。具体研究内容及结果如下:(1)采摘不同生长时期的龙葵果实并从中提取总RNA,利用mRNA具有ploy(A)尾的性质从总RNA中分离并纯化mRNA,随后构建cDNA文库,并采用实验室购置的Illu...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 引言
    1.2 转录组学及其应用
        1.2.1 转录组学概述
        1.2.2 RNA-Seq在转录组学上的应用
        1.2.3 第二代测序技术原理
        1.2.4 RNA-Seq在药用植物中的应用
    1.3 生物信息学在药用植物中的应用
        1.3.1 生物信息学概述
        1.3.2 生物学数据库
        1.3.3 生物信息学的应用
    1.4 龙葵的研究进展
        1.4.1 龙葵简介
        1.4.2 龙葵的相关研究
        1.4.3 研究价值及前景
    1.5 研究目的及意义
    1.6 主要技术路线
第2章 龙葵果实的转录组测序
    2.1 引言
    2.2 实验材料
        2.2.1 植物原材料
        2.2.2 实验仪器
        2.2.3 实验试剂
    2.3 实验方法
        2.3.1 龙葵果实的RNA分离与检测
        2.3.2 cDNA文库的构建与检测
        2.3.3 Illumina上机测序
        2.3.4 数据预处理
        2.3.5 转录组拼接
        2.3.6 转录组拼接评估
        2.3.7 基因的表达定量
        2.3.8 功能注释
        2.3.9 样品相关性分析
        2.3.10 差异表达基因分析
    2.4 本章小结
第3章 龙葵果实转录组测序结果
    3.1 RNA提取及文库构建
        3.1.1 RNA质量检测
        3.1.2 cDNA文库的质量检测
        3.1.3 转录组测序
    3.2 龙葵转录组数据分析
        3.2.0 原始数据检测结果
        3.2.1 转录组拼接
        3.2.2 转录组质量评估
        3.2.3 基因的表达定量
        3.2.4 功能注释
        3.2.5 样品相关性分析
        3.2.6 差异基因的筛选
        3.2.7 差异基因的GO富集分析
        3.2.8 差异基因的KEGG通路分析
    3.3 本章小结
第4章 类黄酮代谢分析与差异表达基因的验证
    4.1 龙葵果实中的黄酮类代谢
        4.1.1 黄酮类前体物质的合成
        4.1.2 龙葵果实中类黄酮代谢通路
    4.2 参与黄酮类运输的相关基因
    4.3 差异表达基因的验证
        4.3.1 引物的挑选与设计
        4.3.2 实验方法
        4.3.3 实验结果与讨论
    4.4 本章小结
结论与展望
参考文献
附录 A 攻读硕士期间所完成的学术论文目录
附录 B KEGG注释信息
致谢



本文编号：3853750