黑籽南瓜NBS类抗病基因的鉴别及关键基因分析

发布时间：2023-11-08 18:28

　　以云南栽培的枯萎病抗病品种绿皮黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)为材料,采用二代转录组和全长转录组测序相结合的方法,对黑籽南瓜NBS类抗病基因进行鉴别和筛选。结果显示:以NB-ARC作为参考氨基酸序列,共鉴定了43条CfNBS (NBS-type gene from C. ficifolia)类基因全长序列,分属于TNL、CNL、TN、RPW8-N和N类5个亚基因家族,典型的TNL和CNL类分别有2个和13个。系统进化树分析表明, CfNBS类基因可以分为4大类群,黑籽南瓜的NBS类抗病基因数量较少但其基因进化类型比其他瓜类物种丰富。与二代转录组进行比对,筛选获得11个差异表达的黑籽南瓜NBS类关键基因,包括4个抗病蛋白、2个蛋白激酶、2个TMV抗性蛋白和3个未知功能蛋白, qRT-PCR分析表明有10个Cf NBS类关键基因在枯萎病菌接种后48和96 h出现上调或下调表达,可能参与了黑籽南瓜对枯萎病菌侵染不同时间点的抗病应答过程。11个CfNBS类关键基因的GO (Gene Ontology)功能富集分析表明,其涉及的生物学过程显著富集在防卫反应、谷胱甘肽转运、改良氨...

【文章页数】：12 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验材料和菌种
    1.2 黑籽南瓜二代转录组测序
        1.2.1 枯萎病菌接种及实验设计
        1.2.2 总RNA的提取及二代转录组测序
        1.2.3 差异表达基因(differential expression genes,DEGs)筛选
    1.3 黑籽南瓜全长转录组测序
        1.3.1 全长转录组的数据分析
        1.3.2 NBS类基因的鉴别
        1.3.3 NBS类基因系统进化分析
        1.3.4 Cf NBS类差异表达关键基因的鉴定
        1.3.5 Cf NBS类关键基因的GO (Gene Ontology)功能注释和富集分析
    1.4 Cf NBS类关键基因的q RT-PCR分析与组织表达特性分析
        1.4.1 总RNA提取
        1.4.2 NBS类关键的引物和q RT-PCR反应体系
        1.4.3 q RT-PCR数据分析
2 实验结果
    2.1 Cf NBS类基因的鉴定
    2.2 Cf NBS类基因的分类
    2.3 Cf NBS类基因的系统进化树分析
    2.4 黑籽南瓜NBS类关键基因的鉴定及功能注释
    2.5 黑籽南瓜NBS类关键基因的GO功能富集分析
    2.6 Cf NBS类关键基因的q RT-PCR分析
    2.7 Cf NBS类关键基因的组织表达特性分析
3 讨论



本文编号：3861507