柑橘锚蛋白与亲环蛋白基因家族的基因组学分析

发布时间：2023-12-26 18:37

　　柑橘,富含维生素C,其种植面积和产量在果树中均居世界首位,具有较高的营养价值和经济价值。近年来,柑橘全基因组测序已经完成,但其基因功能研究相对落后,尤其是关于生物胁迫与非生物胁迫的研究。因此对柑橘锚蛋白与亲环蛋白基因家族的研究,不但可以预测基因家族成员的功能,并能为其功能验证和物种进化研究提供理论基础。本文对美国柑橘(C.clementina)与中国甜橙(C.sinensis)的锚蛋白与亲环蛋白基因家族进行全基因组分析,根据不同结构域对锚蛋白与亲环蛋白基因家族成员分类,并确定锚蛋白与亲环蛋白基因在染色体上的具体位置,构建同源基因及基因簇,通过锚蛋白与亲环蛋白基因在柑橘不同组织中的差异表达以预测基因家族成员的潜在功能。本实验取得以下研究成果:(1)在美国柑橘和中国甜橙基因组中分别筛选出192和205个锚蛋白重复基因。根据蛋白质结构域的不同,将其分为11个亚家族,并发现亚家族ANK-M、ANK-TM和ANK-BTB在柑橘基因组中显著扩增。系统发育分析结果表明,ANK基因根据根节点分成5个部分,进化枝结果表明大多数进化枝均包含来自二个柑橘基因组的ANK基因,这说明二个物种基因组含有相似数目和...

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 ANK基因家族的研究进展
    1.3 CYP基因家族的研究进展
    1.4 基因家族分析流程及比较基因组学常用算法
        1.4.1 基因家族分析流程
        1.4.2 BLAST算法
        1.4.3 MAFFT多重序列比对算法
    1.5 研究目的与意义
第二章 柑橘锚蛋白基因家族的筛选,鉴定及表达分析
    2.1 实验材料
    2.2 实验方法
        2.2.1 柑橘ANK基因的筛选方法
        2.2.2 柑橘ANK基因的理化性质分析
        2.2.3 柑橘ANK基因的保守基序分析
        2.2.4 柑橘ANK基因的系统发育树构建
        2.2.5 柑橘ANK基因的染色体图谱及基因簇方法
        2.2.6 柑橘ANK基因的同源基因分析
        2.2.7 柑橘ANK基因的表达谱分析方法
    2.3 结果与分析
        2.3.1 柑橘ANK基因的鉴定
        2.3.2 柑橘ANK基因的分类
        2.3.3 柑橘ANK基因的进化分析和进化枝分析
        2.3.4 柑橘ANK基因的保守基序分析
        2.3.5 柑橘ANK基因的染色体图谱及基因簇分析
        2.3.6 柑橘ANK的同源基因分析
        2.3.7 柑橘ANK基因在四种柑橘组织中的表达谱分析
第三章 柑橘亲环蛋白基因家族的筛选,鉴定及表达分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 数据收集
        3.1.2 柑橘CYP的筛选,结构及理化性质分析方法
        3.1.3 柑橘CYP的染色体图谱,基因簇及同源分析方法
        3.1.4 柑橘CYP的进化,保守基序及差异表达分析方法
    3.2 结果与讨论
        3.2.1 柑橘CYP基因家族的筛选,鉴定及理化性质分析
        3.2.2 柑橘CYP的系统进化分析
        3.2.3 柑橘CYP的保守结构域分析
        3.2.4 柑橘CYP的染色体图谱及基因簇分析
        3.2.5 柑橘CYP的同源分析
        3.2.6 柑橘CYP的差异表达分析
文章小结
参考文献
致谢
作者简介
附录1
附录2



本文编号：3875316