龙脷叶转录组分析及黄酮类生物合成相关基因的挖掘

发布时间：2023-12-26 20:32

　　【目的】获得龙脷叶(Sauropus spatulifolius Beille)转录组学信息特征及黄酮类生物合成通路基因。【方法】采用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 4000对龙脷叶进行转录组测序,通过Trinity 软件de novo组装获得unigene,并基于序列同源性对unigene进行功能注释和代谢通路分析。【结果】测序数据经过质控后共获得88 396 692个高质量的reads,通过de novo 组装获得46 600个unigene,N50长度为1 441 bp,平均长度877 bp。其中34 188个(73.36%)unigene在NR、SwissProt、KOG、GO、KEGG数据库中得到注释。其中KEGG数据库注释到6 902个unigene,涉及132条代谢通路。在龙脷叶中我们共鉴定到56个unigene涉及类黄酮生物合成、9个unigene参与黄酮和黄酮醇生物合成,2个unigene参与异黄酮生物合成。同时还鉴定到1 256个转录因子(transcription factors,TFs)和3 842个植物抗性基因(R基因)。...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 建库测序与拼接组装
        1.2.3 Unigene的功能注释
        1.2.4 TFs、R基因和SSRs鉴定分析
2 结果与分析
    2.1 龙脷叶转录组测序与de novo组装
    2.2 龙脷叶转录组功能注释
    2.3 KOG功能分类
    2.4 GO功能注释分类
    2.5 KEGG代谢通路分析
    2.6 黄酮类生物合成基因的鉴定
    2.7 转录组中TFs和R基因分析
    2.8 转录组中SSRs标记位点分布
3 讨论
4 结论



本文编号：3875515