2018年青海省手足口病病原谱的构成及基因特征分析

发布时间：2024-02-18 05:58

　　目的了解2018年青海省手足口病(HFMD)病原谱的构成及基因特征,掌握HFMD主要致病原的流行规律。方法采集青海省HFMD患者的咽拭子标本共713份,进行实时荧光定量检测和病毒分离;对阳性标本进行特异性引物核酸扩增和测序分析,参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果 2018年共采集临床确诊HFMD患者标本713份,检测到EV-A71型病毒9份,CVA16型病毒109份,CVA6型病毒510份,CVA10型病毒12份,CVA4型病毒5份,CVA2型病毒2份,柯萨奇B组病毒4份,阴性3份。其中CVA6病毒占总数的71.53%,CVA16病毒占15.29%。经测序后选取典型的15株柯萨奇病毒A、B组基因序列进行核酸序列分析,同源性在23.5%-100%之间,表明引起青海HFMD流行的非EV-A71、CVA16型柯萨奇病毒A、B组核酸序列不同基因型之间的变异性强。结论 2018年青海省HFMD病毒谱包括EV-A71、CVA16、CVA6等,主要为CVA6,其次是CVA16。

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【部分图文】：

图1青海省2018HFMD病毒分离株与其它基因代表毒株的亲缘性进化树

参照NCBI库中比对结果，选取不同基因型的23株代表株作为参考基因序列，使用ClustaX邻位法与测序得到的15株青海省非EV-A71、CVA16型分离株构建系统发生树，结果如图1。进化树分为4个分支，CVA2和CVA4在一个大的分支上，青海省分离到的02/2018、89/201....

本文编号：3902023