基于基因表达谱芯片筛选口腔鳞状细胞癌的潜在生物学标记

发布时间：2024-02-22 03:26

　　目的本课题利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,CEO)查找口腔鳞状细胞癌(Oral Squamous Cell Carcinoma,OSCC)相关的基因表达谱芯片,下载芯片数据并构建表达矩阵,筛选OSCC和正常口腔组织之间的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)。从而为确定口腔鳞状细胞癌的关键基因以及疾病预防、早期诊断和药物靶点治疗等提供理论依据与参考。方法从GEO公共数据库下载mRNA表达谱芯片数据GSE31056,从96个组织样本中选择23个正常口腔组织样本及23个OSCC组织样本。使用Rstudio软件,基于R语言环境,利用Bioconductor中的Impute软件包和Limma软件包对数据进行预处理并且筛选出差异表达基因(DEGs)。使用Heatmap软件包对变化显著的差异表达基因进行层析聚类分析及可视化处理。使用clusterProfiler软件包对得到的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。将OSCC差异表达基因导入STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)...

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
英汉缩略语名词对照
中文摘要
英文摘要
前言
第一部分 背景介绍
    1 生物信息学概述
    2 基因芯片技术简介
    3 研究目的和意义
第二部分 差异表达基因筛选和生物信息学分析
    1 材料和方法
    2 结果
    3 讨论
全文总结
参考文献
文献综述
    参考文献
致谢
攻读硕士期间发表的学术文章



本文编号：3906321