胰腺导管腺癌相关基因的生物信息学分析及功能预测

发布时间：2024-02-24 17:56

　　目的通过生物信息学分析为胰腺导管腺癌的研究提供潜在的生物标记物和治疗靶点。方法选择来自Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的GSE15471、GSE62165、GSE28735的基因表达谱作为研究对象,用GEO2R筛选差异表达的基因(DEGs)。使用DAVID在线数据库对差异表达基因进行基因本体论(GO)和KEGG富集分析。通过STRING数据库构建了DEGs的PPI网络,并利用Cytoscape分析PPI网络中基因的连接度,从而筛选核心基因。用KM-plotter在线软件进一步对核心基因进行生存分析。结果共鉴定出170个上调的DEGs,54个下调的DEGs。通过富集分析发现,DEGs主要富集于胶原分解代谢过程、细胞外基质分解、蛋白水解、ECM-受体相互作用、黏着力、蛋白质消化吸收等通路。基于PPI网络中基因的连接度鉴定出十二个核心基因(COL1A1、COL3A1、COL5A2、COL6A3、FN1、ITGA2、MMP1、MMP9、TOP2A、ALB、EGF、POSTN)。进一步生存分析发现MMP1、MMP9、ITGA2、TOP2A、POSTN的高表达与胰腺导...

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【文章目录】：
1 资料与方法
    1.1 数据下载
    1.2 筛选差异基因
    1.3 DEGs的GO和KEGG分析
    1.4 PPI网络构建和核心基因的筛选
    1.5 核心基因的生存分析
2 结果
    2.1 差异基因的鉴定
    2.2 GO和KEGG途径富集分析
    2.3 PPI网络构建和核心基因的筛选
    2.4 核心基因的生存分析
3 讨论



本文编号：3909396