微生物基因数据库在氮循环功能基因注释中的应用

发布时间：2024-03-15 03:38

　　氮循环是微生物和化学过程介导的生物地球化学循环。利用基因测序技术研究环境中参与氮循环的微生物群落、微生物及功能基因,是环境基因组学和微生物生态学的重要研究热点。近年来,各种类型的数据库被开发并应用到功能分析中。本文结合时下最新研究成果,聚焦由微生物引起的同化硝酸盐还原作用、异化硝酸盐还原作用、反硝化作用、固氮作用、硝化作用(包括完全氨氧化作用)和厌氧氨氧化作用等6种无机氮循环途径的功能基因,对比了National Center for Biotechnology Information (NCBI)、Integrated Microbial Genomes (IMG)、Universal Protein (UniProt)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)、 Protein Families(Pfam)、 Functional Gene(FunGene)、Clusters of Orthologous Groups (COG)和NCycDB等数据库的设计理念和功能特点,并结合环境介质、表征基因、分析方法和比对方法等影响因素,分析...

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【部分图文】：

图1文献统计图

根据图1B可知，narB、nirA和nasA基因多用于表征同化硝酸盐还原作用，nrfA和nirB基因多用于表征异化硝酸盐还原作用，nosZ、norB和多用途基因nirK、narG多用于表征反硝化作用，nifH基因多用于表征固氮作用，amoA和hao基因多用于表征硝化作用，hzsA....

本文编号：3928496