玉米大斑病菌不同致病小种StBCK1基因生物信息学分析

发布时间：2024-03-31 05:37

　　【目的】为探索StBCK1基因功能的重要影响位点。【方法】通过CTAB法提取了玉米大斑病菌4个小种的基因组DNA,克隆StBCK1基因的关键序列,利用DNAMAN、MEGA和NetPhos2.0 Server比对了玉米大斑病菌不同小种间的遗传差异,并分析StBCK1的蛋白质磷酸化位点。【结果】StBCK1的蛋白质激酶结构域位于DNA序列的4155～5016位,肽链的1385～1672位;在DNA序列比对中发现3个SNP位点;1个位点导致氨基酸由亮氨酸转变为苯丙氨酸,2个位点导致丝氨酸突变为异亮氨酸和天冬酰胺突变为异亮氨酸;3个位点差异均与蛋白质磷酸化位点相关。【结论】3个位点的多态性影响了蛋白质结构与功能,进而影响了玉米大斑病菌的致病性差异。

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【部分图文】：

图1基因组DNA的琼脂糖凝胶检测

通过比较玉米大斑病菌不同小种的StBCK1基因的功能结构域序列发现,11-29E与其它小种相比,第2位碱基由G突变为T,发生了颠换;01-23、NY001和其他4种菌株相比,第243位碱基由C突变为T,发生了转换;11-29E与其它小种相比,第860位碱基由A突变为T,发生了....

图2StBCK1蛋白激酶结构域的位置

图1基因组DNA的琼脂糖凝胶检测2.4功能结构域氨基酸序列变化

图3DNA序列比对结果

在氨基酸序列的第1位氨基酸的比对(图4)发现11-29E与其他致病小种相比,氨基酸由丝氨酸变为异亮氨酸为错义突变,该变化会影响α螺旋的形成,使其含量减少,可能导致MAPK信号通路相关蛋白接受信号后同源二聚化的形成。第89位氨基酸的比对中01-23、NY001和其他4种菌株相比,氨....

图4蛋白质序列比对

图3DNA序列比对结果图5StBCK1基因的氨基酸序列磷酸化位点预测

本文编号：3943528