基于生物信息学分析鉴定乳腺癌细胞中YB-1下游的关键基因和通路

发布时间：2024-04-01 02:43

　　目的:分析鉴定乳腺癌细胞中YB-1下游关键基因和通路,为乳腺癌治疗提供新的靶点。方法:首先,从基因表达数据库GEO中获得GSE95299和GSE63562数据集。其次,分析这两个数据集,我们分别筛选出乳腺癌细胞YB-1过表达组与未经处理组之间的差异表达基因和乳腺癌细胞YB-1 shRNA组与对照组的差异表达基因;通过韦恩分析,获得与YB-1表达呈一致性的差异表达基因。接着,运用DAVID、FunRich和KOBAS对差异表达基因进行功能和通路富集分析;通过STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用Kaplan-Meier plotter评估与乳腺癌预后相关的差异表达基因。最后,运用NCBI数据库和Genomatix软件进行差异基因的启动子分析。结果:从乳腺癌细胞YB-1基因过表达组和未处理组中筛选出2354个上调和1740个下调差异基因;乳腺癌细胞YB-1 shRNA组和对照组中筛选出737个上调和849个下调差异基因;韦恩分析后,共获得185个呈一致表达趋势的基因,包括147个和YB-1表达呈正相关的上调差异表达基因和38个和YB-1表达呈负相关的...

【文章页数】：55 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１差异表达基因的韦恩图分析??

其中ＧＳＥ９５２９９是高通量测序数据集，使用Ｒ语言筛选??获得４０９４个差异表达基因，包含２３５４个上调基因和１７４０个下调基因。ＧＳＥ６３５６２??是微阵列芯片数据集，通过ＮＣＢＩ－ＧＥＯ中自带的ＧＥ０２Ｒ筛选获得１５８６个差异表达??基因，包括７３７个上调基因和８４９个下调基....

图１－２差异表达基因的热图分析??２．２差异表达基因的功能和通路富集分析??分别使用ＤＡＶＩＤ和ＦｕｎＲｉｃｈ进行差异表达基因的基因本体分析（ＧＯ）

基于生物信息学分析鉴定乳腺癌细胞中ＹＢ－丨下游的关键基因和通路?第二章结果??ｉ＿＿．?Ｉ：與??１?临?ｒＪ?ｄ?ｒ??＿?Ｊ？ｌ??■１?＾Ｈｉ??ｉｌｌ?Ｂｐｌ??ｉ?Ｌ［?：；＾??］；ｌ｜?圓?｜??圍Ｉ；??Ｍｌ？？？?Ｉ?Ｉ?義?Ｉ??ｔｉｌ?ｙｊ?ｍ?ｕ??Ｉ?ｉ....

图２－ｌ差异表达基因的功能和通路分析??

第二章结果?基于生物信息学分析鉴定乳腺癌细胞中ＹＢ－１下游的关键基因和通路??基因富集于免疫反应、细胞凋亡过程、对药物的反应，下调基因富集于细胞增殖的正??调节。细胞成分组：上调基因富集于高尔基膜、内质网、线粒体外膜和细胞质的核周??区域，下调基因富集于细胞质。分子功能组：上调基....

图３差异表达基因的蛋白质－蛋白质互作网络分析??

第二章结果?基于生物信息学分析鉴定乳腺癌细胞中ＹＢ－１下游的关键基因和通路??Ａ?Ｂ??ｍｍ－??图３差异表达基因的蛋白质－蛋白质互作网络分析??２．４差异表达基因的生存分析??为了评估１８５个差异表达基因与乳腺癌患者的预后关系，我们使用了一个免费的??在线数据库，Ｋａｐｌａｎ－....

本文编号：3944877