Snail基因mRNA与结肠癌患者预后的生物信息学分析

发布时间：2024-04-27 04:21

　　目的:探讨Snail在结直肠癌中的表达及其与患者预后的关系。方法:应用生物信息分析工具比对TCGA数据库中Snail基因mRNA在结直肠癌组织和癌旁组织中的表达水平;在STRING数据库中构建Snail蛋白-蛋白相互作用网络,并对相关蛋白功能和KEGG信号通路进行富集。同时,回顾性分析我院69例手术治疗的结直肠癌患者资料,根据Snail表达水平分为高、低表达组,比较两组患者总生存期(OS)和无疾病进展生存期(DFS)的差异。采用免疫组织化学法检测患者癌组织中Snail蛋白表达水平及其与患者临床病理特征的关系。结果:结直肠癌组织Snail基因mRNA表达水平明显高于癌旁组织;PDGFB基因与Snail呈正相关(r=0.624, P<0.05),SLC44A4基因与Snail呈负相关(r=–0.48, P<0.05)。Snail基因在生物学过程、细胞成分和分子功能方面分别富集于组蛋白H4脱乙酰化、ESC/E(Z)复合体和NAD依赖性组蛋白脱乙酰酶活性(H3-K14特异性)。KEGG信号通路富集于肿瘤相关信号通路、Notch信号通路、Wnt信号通路和结直肠癌相关信号通路等。生存分...

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【部分图文】：

图1Snail基因在结直肠癌和其他肿瘤中的表达

Snail蛋白在膀胱、甲状腺和脂肪组织中表达水平较高，而在胸腺和淋巴细胞中表达水平较低（图1A);Snail基因在各种肿瘤组织中的表达差异并不明显（图1B）；在结直肠癌患者中，癌组织Snail基因表达水平明显高于对应的癌旁组织（图1C）。但Snail表达水平在不同临床分期结直肠癌....

图2与Snail蛋白相互作用网络信号通路网络（PPI)

Snail及其相关基因生物学过程主要富集于组蛋白H4脱乙酰化、受体生物合成过程的正调控、受体生物合成过程的正调控等；细胞成分主要富集于ESC/E(Z）复合体、Sin3络合物、转录抑制复合物等；分子功能主要富集于NAD依赖性组蛋白脱乙酰酶活性（H3-K14特异性）、组蛋白脱乙酰酶活....

图3Snail基因共表达分析热图

图2与Snail蛋白相互作用网络信号通路网络（PPI)图4Snail共表达正负相关基因散点图

图4Snail共表达正负相关基因散点图

图3Snail基因共表达分析热图2.5KEGG信号通路

本文编号：3965348