基于生物信息学分析预测瘢痕疙瘩发病过程中的核心基因及互作miRNA的研究

发布时间：2024-05-11 16:34

　　目的使用生物信息学方法,揭示瘢痕疙瘩发病过程中参与的核心基因,并预测与其互作的潜在微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法从NCBI Gene database中获取GSE7890基因芯片集,应用LIMMA软件,条件限制为P<0.05且?Symbol|A@log₂FC?Symbol|A@>1.5筛选出差异基因。通过DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)对筛选出的差异基因进行功能富集分析。使用STRING(search tool for the retrieval of interacting genes)官方平台和MCODE (molecular complex detection)软件进一步建立PPI(protein-protein interaction)网络图并通过分析连接度分出有意义的集簇模块。最后,CyTargeLinker用于预测与核心基因相互作用的潜在miRNA的分析。结果本研究共获得69个上调基因和1...

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

图1火山图和热图

本研究下载GSE7890基因数据集,该数据集共包含19个样本,从中挑选5个生理性瘢痕(未处理激素)和5个瘢痕疙瘩(未处理激素)样本。通过运行R语言程序,经过一系列对数据的前处理,分别得出共243个差别基因,69个上调基因和174个下调基因。并且,绘制差异基因的火山图和前50个差....

图2蛋白质互作网络及其前4个集簇模块

经过对筛选出的差异基因进一步分析得知,这些基因主要参与细胞增殖及细胞外基质的细胞定位及生物过程。关于分子功能中的“肝素结合”,已有研究表明肝素负调控成纤维细胞增殖和细胞外基质沉积[18];关于“胚胎发育系统形态”,有相关研究揭示瘢痕疙瘩细胞外基质具有软骨样改变[19]。通过KEG....

图3miRNA-核心基因调控网络

图2蛋白质互作网络及其前4个集簇模块根据先前研究,已知瘢痕疙瘩成纤维细胞的异常增殖与凋亡的异常机制共同参与瘢痕疙瘩疾病的发生[23]。KIT又名C-KIT,编码三型受体酪氨酸激酶蛋白。该基因编码的C-KIT蛋白/配体SCF(stemcellfactor)通路已被证实与炎症疾....

本文编号：3970122