冠心病与生物钟关联靶基因的生物信息学挖掘

发布时间：2024-06-11 19:41

　　目的分析生物节律紊乱与冠心病发生关联的潜在分子机制。方法从GEO数据库中获取GSE71226芯片数据,用R软件筛选冠心病差异表达基因;经文本挖掘和蛋白互作分析获得生物钟相关基因,进行功能注释、染色体定位和互作分析。结果获得488个冠心病差异表达基因(coronary heart disease differentially expressed genes, CHD-DEGs)和64个生物钟相关基因(biological clock related genes, BRGs),在染色体上分布密集,且多与转录调控、炎症和免疫系统疾病相关。其中28个CHD-DEGs与22个BRGs发生了显著互作,有10个重要关联靶基因。结论生物节律紊乱与冠心病的发生之间存在着密切的关联。

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【部分图文】：

图3CHD-DEG(A)和BRGs(B)的DAVID基因功能注释图

将64个BRGs关联到GO生物学功能注释上(FDR≤0.05和Count≥10genes),主要包括(图3B):转录(transcription,包含CEBPA、BTRC和RORB等19个基因);转录因子结合(transcriptionfactorbinding,包含CEB....

图1冠心病差异表达基因火山图(A)和前10个冠心病差异表达基因的聚类热图(B)

利用R软件的limma包对GSE71226数据集进行DEGs筛选(P.Value<0.05,fold-change≥2),获得488个CHD-DEGs,其中包括207个上调基因和281个下调基因(图1A)。利用R软件的pheatmap包将CHD-DEGs进行聚类分析,患病组(CH....

图2生物钟相关基因的互作网络

图1冠心病差异表达基因火山图(A)和前10个冠心病差异表达基因的聚类热图(B)2.2GO和KEGGpathway信号通路

图4CHD-DEGs和BRGs疾病生物学功能注释关联图(A)和与TLR1-10关联的CHD-DEGs和BRGs(B)

利用STRING在线分析工具和Cytoscape3.6.1对488个CHD-DEGs与64个BRGs的编码产物进行互作分析,发现有28个CHD-DEGs的编码蛋白(DBF4、HAUS6、HAUS1、WDR75、MPHOSPH10、HAUS3、UBB、CDC34、UBA52、OB....

本文编号：3992618