毛竹IDD基因家族与笋芽发育的相关性研究

发布时间：2024-12-22 05:09

　　毛竹(Phyllostachys edulis)为禾本科竹亚科刚竹属竹种,是我国分布最广,种植面积最大,最重要的经济竹种,而笋产量是关乎毛竹产业效益的重要因素,生产中大部分笋芽始终处于休眠状态不萌发,极大的限制了其产量。据报道,IDD转录因子在笋芽顶端高表达,可调控侧生器官,因此本文从生物信息学及表达模式角度对Phe IDD基因家族进行分析,取得以下结果:1.从毛竹中鉴定出32个Phe IDD家族成员,均具有完整IDD-domain。28个Phe IDD基因拥有3或4个外显子,4个Phe IDD基因拥有2或6个外显子,基因对间具相似的基因结构。32条Phe IDD共被定位到16条Scaffold上。2.Phe IDDs均具有明显组织特异性,17个成员在根中高表达,3个在茎中高表达,10个在叶子中高表达,2个(Phe IDD2和Phe IDD21)在分蘖芽中高表达。3.81%(26/32)的Phe IDD基因的表达模式与地上分枝发育过程呈正相关。20个Phe IDD基因的表达模式与地下笋芽发育呈正相关。56.2%(18/32)的Phe IDD基因的表达模式同时与地上分枝发育及地下笋芽发育呈...

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
前言
1 文献综述
    1.1 植物分蘖分枝发育研究进展
        1.1.1 分蘖分枝的发生
        1.1.2 植物激素对分蘖分枝的调控作用
        1.1.3 蔗糖处理对分蘖分枝的影响
        1.1.4 调控分蘖分枝的相关基因
    1.2 IDD基因家族研究现状
        1.2.1 IDD基因家族调控植物发育的研究进展
        1.2.2 毛竹中IDD基因家族研究进展
    1.3 本研究的目的与意义
2 毛竹IDD基因家族鉴定与生物信息学分析
    2.1 实验方法
        2.1.1 毛竹数据库的建立
        2.1.2 毛竹Phe IDD基因核酸与蛋白序列的获取
        2.1.3 毛竹IDD基因家族基因结构及Scaffold分布
        2.1.4 毛竹IDD基因家族蛋白理化性质分析
        2.1.5 毛竹IDD基因家族磷酸化位点预测分析
        2.1.6 毛竹IDD基因家族系统进化树构建
        2.1.7 毛竹IDD基因家族Ka/Ks值计算与复制事件计算
        2.1.8 毛竹IDD基因家族进化过程中选择压力复制事件
        2.1.9 毛竹IDD基因家族与水稻进化过程中选择压力复制事件
        2.1.10 毛竹IDD基因家族启动子顺式作用元件分析
    2.2 结果与分析
        2.2.1 毛竹Phe IDD基因家族的鉴定
        2.2.2 毛竹IDD基因家族多重序列比对
        2.2.3 毛竹IDD基因家族基因结构及Scaffold分布分析
        2.2.4 毛竹IDD基因家族蛋白理化性质分析
        2.2.5 毛竹IDD基因家族磷酸化位点预测分析
        2.2.6 毛竹IDD基家因族系统进化树构建
        2.2.7 毛竹IDD基家因族进化过程中选择压力复制事件分析
        2.2.8 毛竹IDD基家因族与水稻进化过程中选择压力复制事件分析
        2.2.9 毛竹IDD基家因族启动子顺式作用元件分析
    2.3 小结与讨论
        2.3.1 毛竹IDD基因家族多重序列比对
        2.3.2 毛竹IDD基因家族基因结构及Scaffold分布
        2.3.3 毛竹IDD基因家族磷酸化位点预测分析
        2.3.4 毛竹IDD基家因族系统进化树构建
3 毛竹IDD基因家族表达模式分析
    3.1 实验材料
        3.1.1 毛竹实生苗种植
        3.1.2 毛竹不同组织部位样品采集
        3.1.3 毛竹实生苗蔗糖处理样品采集
        3.1.4 毛竹实生苗激素处理样品采集
    3.2 实验方法
        3.2.1 RNA的提取
        3.2.2 RNA反转录
        3.2.3 荧光定量PCR引物设计
        3.2.4 荧光定量PCR
    3.3 结果与分析
        3.3.1 毛竹实生苗分蘖时间确定
        3.3.2 毛竹Phe IDD基因家族实生苗组织特性表达分析
        3.3.3 毛竹笋分枝芽生长发育过程中Phe IDD基因家族表达模式
        3.3.4 笋芽发育过程中毛竹Phe IDD基因家族表达模式
        3.3.5 蔗糖处理下毛竹Phe IDD基因家族表达模式
        3.3.6 不同激素处理下毛竹Phe IDD基因家族表达模式
    3.4 小结与讨论
        3.4.1 毛竹Phe IDD基因家族实生苗组织特性表达分析
        3.4.2 毛竹分枝芽及地下笋芽生长过程中Phe IDD基因家族表达模式
        3.4.3 蔗糖处理下毛竹Phe IDD基因家族表达模式
        3.4.4 不同激素处理下毛竹Phe IDD基因家族表达模式
4 毛竹IDD下游靶基因及互作蛋白预测
    4.1 实验方法
        4.1.1 下游靶基因筛选
        4.1.2 毛竹IDD互作蛋白预测
    4.2 结果与分析
        4.2.1 下游靶基因筛选
        4.2.2 毛竹IDD互作蛋白预测
    4.3 小结与讨论
5 结论与展望
    5.1 研究结论
    5.2 展望
参考文献
附录
个人简介
致谢



本文编号：4019484