结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

发布时间：2025-02-06 14:19

　　 目的筛选与结直肠癌(CRC)中奥沙利铂(OXA)耐药性相关的基因和通路。方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因(DEGs)。利用DAVID数据库进行基因本体论(Go)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。

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【部分图文】：

图1 差异表达基因的筛选和层次聚类分析

为了深入了解中心基因的通路及筛选出更为关键的基因,对上述15个中心基因进行了KEGG通路分析。结果表明,中心基因主要与NF-κB信号通路、趋化因子信号通路、军团菌病、NOD样受体信号通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用有关(P<0.05)。其中有7个中心基因在这些通路显著富集,包....

图2 蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和模块化分析

图1差异表达基因的筛选和层次聚类分析表1474个差异表达基因显著富集的GO和KEGG通路分析(前5)类型描述P值计数分子功能氧化还原酶活性9.67×10-515醛基酮还原酶(NADP)活性2.26×10-45醛脱氢酶(NAD)活性3.80×10-4....

图3 GERIA在线工具用于7个关键基因的Kaplan-Meier生存曲线

OXA常用于CRC的一线治疗。OXA与DNA核碱基结合并与DNA相互作用,导致链内和链间Pt-DNA交联的形成并造成DNA损伤。然而,OXA的耐药性限制了CRC化疗的疗效。目前研究发现,OXA耐药性的机制是多方面的,包括激活抗氧化剂谷胱甘肽系统以进行解毒、增强DNA修复和抗凋亡以....

本文编号：4030496