成釉细胞瘤侵袭相关基因及长链非编码RNA的筛选与表达初步分析

发布时间：2025-02-10 20:44

　　目的:成釉细胞瘤(ameloblastoma)是一种口腔颌面部常见的良性牙源性肿瘤。不同于一般的良性肿瘤,成釉细胞具有侵袭性,这导致其术后具有较高的复发率。lncRNA(long non-coding RNA,长链非编码RNA)是指长度大于200个碱基对的非编码RNA,广泛参与了肿瘤发生、增殖、侵袭、转移过程的调控。而目前尚未有关于lncRNA在成釉细胞瘤侵袭过程中研究。第二代高通量全转录测序是一种可以对编码RNA及非编码RNA进行检测的技术手段。运用高通量测序手段对肿瘤lncRNA及其靶基因进行筛选与预测是目前肿瘤学研究中的常用研究手段。方法:1.收集新鲜成釉细胞瘤及其瘤旁组织14对,冷冻保存。使用全转录测序技术测序8对样本。通过生物信息学分析,对于成釉细胞瘤侵袭相关的lncRNA及基因进行筛选与预测。2.对筛选出的lncRNA及其靶基因进行实时定量PCR(Real-timePCR)检测。验证分析其表达量的变化。结果:1.通过基因测序,我们共筛选出出110对lncRNA-靶基因调控组合。再进一步通过基因功能分析,我们筛选出LINC01007-COL26A1 、 LOC284080-IT...

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图1T-1质量分数Fig.1QualitysaoreofT-1

上海交通大学医学院硕士学位论文15第三章结果3.1全转录测序及生物信息学分析结果3.1.1使用Fast-QC软件对测序结果进行质量检查图1为T-1标本的质量分数分布。横轴表示序列碱基数的范围，纵轴表示质量分数。可见T-1标本测序结果与人类基因组匹配程度较高。GC含量分布分析是指通....

图2T-1GC含量分布

上海交通大学医学院硕士学位论文16表3质量分析结果Tabe3TheresultofQualityanalysis标本名称最小质量分数GC含量分布分析过滤片段留存率T-136.2PASS0.962618701N-135.8PASS0.963499108T-235.7PASS0.96....

图4差异表达的lncRNAFig.4DifferentexpressionlncRNA

上海交通大学医学院硕士学位论文达601个。在上调表达的lncRNA中，表达差异最为明显的是GLIS3-AS1，其Log2FC达到22.8。在下调表达的lncRNA中，表达差异最为明显的是NPY6R，其Log2FC达到-25.0。图4反应了lncRN....

图3差异表达的mRNAFig.3DifferentexpressionmRNA

上海交通大学医学院硕士学位论文达601个。在上调表达的lncRNA中，表达差异最为明显的是GLIS3-AS1，其Log2FC达到22.8。在下调表达的lncRNA中，表达差异最为明显的是NPY6R，其Log2FC达到-25.0。图4反应了lncRN....

本文编号：4033053