靶向Wnt1的miRNA与circRNA及其靶基因间相互作用的生物信息学分析

发布时间：2017-06-16 20:14

  本文关键词：靶向Wnt1的miRNA与circRNA及其靶基因间相互作用的生物信息学分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：为对靶向Wnt1的7种mi RNAs进行circ RNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circ RNAs及靶基因间的相互作用,分别采用Starbase及mi RWALK软件,对文献报道的靶向Wnt1基因的let-7e、mi R-21、mi R-34a、mi R-122、mi R-148a、mi R-148b与mi R-152等7种mi RNAs的circ RNAs和对应的靶基因进行生物信息学预测.利用Cytoscape 3.2.1对这7种mi RNAs和预测所得到的circ RNAs及对应的靶基因进行网络分析.并进一步对预测到的靶基因通过DAVID软件进行通路分析.Starbase软件对这7种不同mi RNAs所预测的靶circ RNAs的数量分别为58、15、41、20、28、28、28个.分别比较mi RWALK中7~9个以上软件共有的mi RNAs及其与靶基因的关系,发现CHD7基因是唯一一个在三种不同预测范围内与mi R-21、mi R-148a、mi R-148b和mi R-152等4种mi RNAs相对应的靶基因.CNOT6、NBEA、ZFYVE26与ZDHHC17是在两种不同预测范围内与至少4个mi RNAs相对应的靶基因.在7种mi RNAs所预测靶基因相关的KEGG信号通路中,7~9个软件以上共有的信号通路为Focal adhesion信号通路、MAPK信号通路、Notch信号通路与TGF-beta信号通路.在MAPK信号通路中DUSP1与MRPS35_hsa_circ_001042均分别是与mi R-21、mi R-148a、mi R-148b及mi R-152等4种mi RNAs相互作用的靶基因与circ RNA.本研究对靶向Wnt1的mi RNAs及其相互作用的circ RNAs、靶基因与信号通路等进行了网络分析与预测,为进一步分析它们之间的相互作用奠定了基础.
【作者单位】： 山东省罕少见病重点实验室山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院;济南大学-山东省医学科学院医学与生命科学学院;天津市武清区人民医院;山东省立医院小儿骨科;
【关键词】： Wnt miRNA circRNA 相互作用 KEGG信号通路
【基金】：山东省英才基金项目(2015ZRC03171) 山东省国际科技合作项目资助~~
【分类号】：Q811.4
【正文快照】： Wntl基因最早于1982年在小鼠乳腺癌中发现[1],编码的蛋白质具有疏水性,富含半胱氨酸[2].Wnt1蛋白与细胞表面基质及其特异性受体卷曲蛋白(Fz)相互作用,再经其下游散乱蛋白,共同完成Wnt信号的转导传递[3-4].Wnt1在中枢神经系统的发育中发挥至关重要的作用,它是神经嵴诱导和中脑

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本文编号：456372