肺腺癌吸烟相关甲基化模式识别分类模型及特征基因的识别研究

发布时间：2017-06-19 17:01

  本文关键词：肺腺癌吸烟相关甲基化模式识别分类模型及特征基因的识别研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：吸烟是导致肺癌的一个重要诱导因素,从全基因组基因甲基化水平出发,利用生物信息学方法,通过建立对当前吸烟/不吸烟样本的模式识别分类模型,识别甲基化特征基因,为揭示不吸烟肺癌患者的患病机理奠定基础。为避免甲基化微阵列数据超高维小样本、高噪声、高相关性以及信息饱和现象淹没真正的特征基因,首次采用迭代多重筛选方法,分别从显著性差异、与基因表达水平的关系、生物功能、分类重要性等多个角度对全基因组甲基化数据进行多步筛选,从而识别吸烟相关特征基因。以TCGA数据库中127个肺腺癌样本为训练集,64个EDRN肺腺癌样本为独立测试集,最终确定了48个关键基因。相应模式识别模型对训练集精度达到87.5%(敏感性、特异性分别为87.2%和87.8%),独立测试集分类精度达到76.4%(敏感性、特异性分别为80.2%和73.6%)。交叉研究表明,其中17个基因对癌症发展的重要性已经在其他研究中有所证实,进一步的研究则证明其甲基化的重要性。同时,KEGG和IPA对特征基因在基因调控网络和代谢通路水平的分析表明,特征基因与癌症的发展以及生物功能、细胞发育等都有着密切的联系。
【作者单位】： 天津大学化工学院;大连医科大学附属第一医院肿瘤科;德克萨斯大学西南医学中心;
【关键词】： 肺腺癌 甲基化数据 吸烟史 模式识别 分类
【基金】：国家自然科学基金(31271351)
【分类号】：R734.2
【正文快照】： 3(德克萨斯大学西南医学中心,美国达拉斯75235)引言吸烟是少数已知癌症的相关危险因素之一,与肺癌、膀胱癌、食管癌等癌症均有不同程度的联系[1],尤其是吸烟与肺癌的联系更是广为人知。然而,最近的统计研究表明,25%的肺癌患者并非吸烟所致。不吸烟患者肺癌的致死率高居第7位,

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 常秀青 ,Tony Sheldon;低焦油含量香烟与肺腺癌发病率上升有关[J];英国医学杂志(中文版);2002年01期

2 邓小梅,何权瀛;细支气管肺泡细胞癌与其他类型肺腺癌的对比分析[J];中国呼吸与危重监护杂志;2005年03期

3 杨长青;王莲芳;;飞行人员右肺腺癌1例[J];海军医学杂志;2006年04期

4 陈小兵;闫明;罗素霞;李宁;邹宏志;韩黎丽;;84例青年肺腺癌早期误诊原因分析[J];实用诊断与治疗杂志;2007年09期

5 陈小兵;闫明;曾军杰;罗素霞;;青年女性肺腺癌首发症状及早期误诊原因分析[J];中国现代医生;2009年06期

6 周琪;段亮;姜格宁;丁嘉安;;青年男性肺腺癌临床特征对预后的影响[J];中国癌症杂志;2009年08期

7 张文丽;;以高热为首发症状的肺腺癌病例并文献复习[J];甘肃医药;2013年07期

8 郭哲;肺腺癌病人的预防性头颅照射[J];国外医学(肿瘤学分册);1988年06期

9 刘福升，李险峰，杨爱民，王彤;肺腺癌误诊肺结核16例分析[J];中国防痨杂志;1994年01期

10 余伟江;放疗及合并化疗治疗Ⅲ期肺腺癌疗效分析[J];肿瘤防治研究;1994年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 孙强;顾春东;雷霆;王金;李锦绣;;浸润性周围型小肺腺癌(≤2cm)不同病理亚型的比较[A];第13届全国肺癌学术大会论文汇编[C];2013年

2 袁明远;;周围型肺腺癌病灶的放射学分类及其临床价值[A];中华医学会第16次全国放射学学术大会论文汇编[C];2009年

3 顾国浩;;生物芯片在肺腺癌诊断中的应用进展[A];中华医学会第八次全国检验医学学术会议暨中华医学会检验分会成立30周年庆典大会资料汇编[C];2009年

4 林嘉颖;吴一龙;杨学宁;乔贵宾;王坤;陈刚;;不同预后的肺腺癌患者酪氨酸激酶信号传导通路异常的初步探讨[A];第三届中国肿瘤学术大会教育论文集[C];2004年

5 汤秀英;吴立红;张烨;;肺腺癌的超微观察及异质性探讨[A];第八次全国电子显微学会议论文摘要集（Ⅰ）[C];1994年

6 徐芝君;应可净;;胸部CT基本正常肺腺癌伴慢性DIC一例并文献复习[A];浙江省医学会呼吸系病分会成立三十周年庆典活动暨2008年呼吸病学学术年会论文汇编[C];2008年

7 邵艳;洪伟俊;宁允叶;胥武剑;李强;;肺腺癌恶性转化相关蛋白的初步筛查[A];中华医学会呼吸病学年会——2011（第十二次全国呼吸病学学术会议）论文汇编[C];2011年

8 王恩华;;解读及评价国际多学科肺腺癌分类[A];2012年浙江省病理学学术年会论文集[C];2012年

9 宋正波;朱慧能;郭振英;吴伟;孙文勇;张沂平;;肺腺癌新分类在预测Ⅰ期非小细胞肺腺癌预后中的价值[A];第13届全国肺癌学术大会论文汇编[C];2013年

10 赵燕妮;曹菊;牟向东;阙呈立;;肺腺癌影像反复波动病例报告一例并文献复习[A];中华医学会呼吸病学年会——2013第十四次全国呼吸病学学术会议论文汇编[C];2013年

中国重要报纸全文数据库 前8条

1 丁香;日发现肺腺癌的预测因子[N];中国医药报;2007年

2 仇逸邋孙国根;吸烟丈夫的妻子,患肺腺癌风险高[N];新华每日电讯;2007年

3 曾理;肺腺癌早诊研究关注“起源”[N];健康报;2008年

4 记者 李天舒　胡德荣;为何不吸烟者也患肺癌[N];健康报;2010年

5 记者 胡德荣;非吸烟肺腺癌人群致癌基因突变谱建立[N];健康报;2011年

6 高原;或与MiR-21分子有关[N];广东科技报;2009年

7 海飞鱼;探索肺癌突变基因[N];医药经济报;2008年

8 健康时报记者 王志胜;一样的肿瘤,不一样治法[N];健康时报;2009年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 孙正亮;肺腺癌的分子分型特征及其与病理分型的关联研究[D];复旦大学;2014年

2 杨欣;肺腺癌预后相关的临床病理因素分析及分子病理研究[D];北京协和医学院;2014年

3 郑华;筛选肺腺癌相关血清自身抗体标志物[D];北京市结核病胸部肿瘤研究所;2010年

4 张扬;肺腺癌致癌基因突变研究[D];复旦大学;2013年

5 张丽;基于IASLC/ATS/ERS国际多学科新分类的肺腺癌影像学及相关研究[D];北京协和医学院;2014年

6 杨继要;肺腺癌肿瘤相关抗原的筛选鉴定及克隆表达[D];郑州大学;2006年

7 何萍;染色体15q25.1区域基因多态性与中国南方人群肺腺癌易感性的关联研究[D];南方医科大学;2014年

8 李亚光;PI3K-Akt通路与肺腺癌术后患者预后的相关性研究[D];北京协和医学院;2012年

9 赵伟鹏;肺腺癌淋巴管生成相关基因的筛选和初步鉴定[D];第三军医大学;2009年

10 刘亚岚;水通道蛋白3在人体多种器官正常和癌组织中的表达及意义[D];中国医科大学;2007年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 苏帆;rhPDCD5蛋白对肺腺癌A549细胞化疗作用的研究[D];石河子大学;2015年

2 卜静;顺铂联合雷帕霉素、3-MA对肺腺癌A549细胞及其裸鼠原位移植瘤的影响[D];河北医科大学;2015年

3 韩承刚;宝石CT灌注成像在肺腺癌生物治疗疗效评价中的应用价值[D];山西医科大学;2015年

4 展峰峰;肺腺癌患者组织中EML4-ALK融合基因与TYMS mRNA表达的关系[D];山西医科大学;2015年

5 赵玉泽;Ago2蛋白在EGFR突变的肺腺癌患者中的表达及临床意义[D];山西医科大学;2015年

6 孙天宇;转录辅助因子4过表达与肺腺癌淋巴转移和预后的相关性[D];第三军医大学;2015年

7 崔巍;肺腺癌患者外周血IL-17A~+T细胞和相关细胞因子检测及意义[D];浙江大学;2015年

8 赵凤芝;bFGF单抗联合Lobaplatin抑制肺腺癌细胞增殖、转移和诱导凋亡的机制研究[D];暨南大学;2015年

9 边猛;温通法联合化疗对EGFR-TKIs耐药后的脾肾阳虚型肺腺癌患者的临床疗效观察[D];河南中医学院;2015年

10 高正亚;Ⅰ期肺腺癌患者外周血和淋巴结中CK19及LUNX mRNA的表达与微转移的相关性研究[D];苏州大学;2015年

  本文关键词：肺腺癌吸烟相关甲基化模式识别分类模型及特征基因的识别研究，由笔耕文化传播整理发布。

，

本文编号：463118