ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析

发布时间：2017-06-23 06:15

  本文关键词：ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：通过对ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析,以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ssc-miR-486表达情况进行比较研究,然后利用miRBase、Ensembl、NCBI等数据库及miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan等软件对ssc-miR-486进行生物信息学分析,包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明,ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现,miR-486在各物种间非常保守,ssc-miR-486启动子区域有SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点,获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR等信号转导通路中。结果表明,ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控,为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。
【作者单位】： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;
【关键词】： ssc-miR- 生物信息学 脂肪沉积 猪
【基金】：转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08008-004B;2008ZX08008-003) 国家“863”计划项目(2008AA10Z140) 国家自然科学基金项目(30571339) 中国农业科学院农业科技创新项目(ASTIP-IAS05);中国农业科学院创新基金项目(2004-院-1) 国家重点基础研究发展计划(“973”计划项目)(2015CB943100) 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2013ywf-yb-5;2013ywf-zd-2)
【分类号】：Q811.4;R589.2
【正文快照】： 肥胖是一种代谢综合征,是当今全球侵蚀人类健康的常发病之一。目前,肥胖已经成为重要的世界性健康问题,据保守估计,大约有50%人口处于超重状态,而且,在未来的几年里,肥胖的人数将达到7亿[1-2]。此外,肥胖并发症比如心脑血管疾病、二型糖尿病、胰岛素抵抗、阻塞性睡眠呼吸暂停

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