多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变

发布时间：2017-06-23 10:18

  本文关键词：多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中检测错配修复(mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用。方法收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况。结果 31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18%可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9%,平均测序深度为2 282。在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异(single nucleotide variation,SNV)、2种同义SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV。检测结果经Sanger法测序验证,结果一致。结论多重PCR靶向富集结合高通量测序技术是一套通量高、速度快、费用低、准确性高的MMR基因突变筛查方法。
【作者单位】： 复旦大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室;上海同达科信生物技术发展有限公司;上海生物信息技术研究中心;复旦大学附属肿瘤医院大肠外科;中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所;
【关键词】： 错配修复基因 Lynch综合征 靶向富集 高通量测序
【基金】：国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(2012CB316501) 国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2012AA02A602) 国家自然科学基金(31271409;31401128)~~
【分类号】：R735.34
【正文快照】： 结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是全世界第三大常见恶性肿瘤[1]。研究发现35%的CRC存在家族易感性[2],其中最常见的是Lynch综合征,即遗传性非息肉病性结直肠癌(hereditarynonpolyposis colorectal cancer,HNPCC),占所有病例的2%~5%[3]。错配修复(mismatch repair,MMR)基因发

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 陈柯材;刘林;;急性髓细胞白血病靶向治疗的进展[J];中国医药指南;2013年22期

2 王聪;刘凤林;孙益红;;血管靶向剂治疗恶性肿瘤的研究进展[J];肿瘤;2008年12期

3 刘吉福;徐波;;区域靶向联合优选化疗用于不能手术的Ⅲ、Ⅳ期非小细胞肺癌[J];中华临床医师杂志(电子版);2009年05期

4 常英军;慢性粒细胞白血病:从分子机制到靶向治疗[J];国外医学.输血及血液学分册;2001年06期

5 郑松,陈如坤;肺癌的靶向治疗[J];浙江医学;2004年02期

6 钱军,秦叔逵;针对表皮生长因子受体的靶向治疗研究进展[J];中国药科大学学报;2004年03期

7 汤小龙;;揭开“靶向治疗”的神秘面纱[J];抗癌之窗;2012年02期

8 陈铀;贾鹏;熊平;李新霞;郭萍;;顺磁纳米铁核素靶向治疗系统中外磁场的优化[J];南华大学学报(自然科学版);2010年03期

9 李贵平;张辉;汪勇先;;纳米微粒磁性靶向热疗作用的应用研究(文献综述)[J];放射免疫学杂志;2006年01期

10 王海勇;王林;;靶向酪氨酸激酶治疗癌症[J];国外医学.药学分册;2006年06期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 陆舜;;肺癌分子靶向—中国十年[A];2009医学前沿论坛暨第十一届全国肿瘤药理与化疗学术会议论文集[C];2009年

2 王潍博;;肺癌的靶向治疗[A];第四届全国肺癌诊断及综合治疗进展学习班暨山东抗癌协会肺癌分会第二届学术会议论文汇编[C];2009年

3 段建春;;肺癌靶向治疗现状与进展[A];靶向给药系统研究开发及临床应用研讨会论文集[C];2012年

4 李娜;乔光明;高源;唐波;;靶向纳米生物复合物在癌细胞成像诊断及治疗中的应用[A];中国化学会第十届全国发光分析学术研讨会论文集[C];2011年

5 冉海涛;朱叶锋;张群霞;王志刚;张辉;;靶向纳米脂质超声造影剂制备及其体外寻靶能力实验研究[A];中华医学会第十次全国超声医学学术会议论文汇编[C];2009年

6 王训松;赵霞;;肺癌的靶向治疗[A];结核与肺部疾病论文集[C];2005年

7 于金明;;肺癌的靶向放疗[A];第三届全国肺癌诊断及综合治疗进展学习班暨山东省抗癌协会肺癌分会成立大会论文汇编[C];2008年

8 王洪武;冯华松;韩志海;颜霞;贺声;张燕群;段蕴铀;;经皮穿刺氩氦超导靶向治疗头面部肿瘤[A];第一届中国肿瘤靶向治疗技术大会论文集[C];2003年

9 于金明;;靶向放射治疗新进展[A];2007医学前沿论坛暨第十届全国肿瘤药理与化疗学术会议论文集[C];2007年

10 孙燕;;针对肿瘤新生血管的靶向治疗[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议教育集[C];2006年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 房树芬 记者 王春;我“靶向激活光扳机”开辟光精确控制治癌新路[N];科技日报;2012年

2 本报记者 蒋秀娟 通讯员 苏文慧 罗国金 王佳斌;先进技术提高靶向放疗精准度[N];科技日报;2012年

3 韩宝惠;无限期待在“靶向”[N];健康报;2006年

4 本报记者 李颖;靶向治疗为晚期癌患者带来福音[N];科技日报;2009年

5 记者 白京丽;靶向治疗可提高肺癌患者生存率[N];中国医药报;2009年

6 徐述湘;乳癌靶向治疗呼唤HER2检测标准化[N];中国医药报;2002年

7 第三军医大学新桥医院 章必成;靶向治疗“挑患者”[N];健康时报;2007年

8 ;靶向治疗：人种性别药物之间疗效有差距[N];中国医药报;2005年

9 金灿;肿瘤微创靶向治疗——21世纪治疗肿瘤的新选择[N];中国消费者报;2005年

10 记者 胡德荣;卵巢癌靶向治疗有新递送系统[N];健康报;2014年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 丁文成;靶向HPV E6E7基因的TALEN的构建及应用研究[D];华中科技大学;2014年

2 纪长威;前列腺癌细胞特异性核酸适体的提取鉴定及其靶向纳米载药体系的合成[D];南京大学;2012年

中国硕士学位论文全文数据库 前8条

1 王倩;PD-1-VEGF多靶向Fc融合蛋白PVP的表达、纯化及初步功能研究[D];浙江理工大学;2013年

2 王勇军;hu3D3/cSA介导的多药物肺癌预靶向治疗的初步研究[D];厦门大学;2008年

3 陈春丽;靶向表皮生长因子受体的USPIO对肺癌细胞MR分子显像的体外实验研究[D];华中科技大学;2010年

4 吴春娇;血管抑制剂靶向治疗恶性肿瘤的临床疗效研究[D];吉林大学;2004年

5 赵赫;基于Her2抗体和温度双靶向纳米免疫胶束的胃癌化疗研究[D];第二军医大学;2013年

6 赵静雯;肝癌组织靶向肽的筛选与鉴定[D];天津医科大学;2014年

7 张歌;温度抗体双靶向纳米泡囊的构建及其抗胃癌机制研究[D];第二军医大学;2014年

8 王啸林;新型“适配子—脂质体”siRNA靶向入胞递送系统的构建及其应用于前列腺癌治疗的实验研究[D];广西医科大学;2012年

  本文关键词：多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变，，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：474741