番茄NAC基因家族的系统进化及表达分析

发布时间：2017-06-29 13:01

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【摘要】：本研究挖掘番茄(Solanum lycopersicum)中NAC转录因子家族成员104个,为研究番茄NAC转录因子在响应生物及非生物胁迫中的调控作用提供理论基础,也为番茄NAC转录因子的全基因组分析提供了依据。通过SOL数据库下载番茄NAC、NAM基因及蛋白序列,根据NAC保守域序列号PF01849、PF02365,利用HMMER 3.0软件鉴定番茄NAC基因。再利用保守结构域预测软件Pfam和SMART对候选序列进行筛选鉴定。使用DNAMAN5.0、Web Logo、MEGA5.2、GSDS2.0、Map Inspect、Ex Pasy和Swiss-Model等软件对获选番茄NAC转录因子进行生物信息学分析。通过RT-PCR技术检测番茄NAC转录因子在不同组织中的表达情况。本实验通过生物信息学方法对番茄中NAC基因家族成员进行了预测及分析。预测及分析结果显示,番茄NAC基因家族包含104个蛋白质,通过分组鉴定和进化树分析将番茄NAC基因家族分为12个亚族,番茄特有的TNAC亚族成员最多为28个。本实验对挖掘到的104个NAC转录因子的分子量、等电点、保守结构域及蛋白质二、三级结构进行了预测及分析。本实验选取12个NAC转录因子家族成员进行RT-PCR技术检测,获得其在根、茎、叶、花、果中的表达情况,半定量结果显示,7个Sl NAC基因在根、茎、叶、花、果(红熟)中均有表达,并呈现出多种表达模式。番茄NAC转录因子家族在结构上高度保守,并参与番茄生长发育、生物及非生物胁迫的调控过程。
【作者单位】： 东北农业大学园艺学院番茄课题组;
【关键词】： 番茄 NAC 生物信息学 转录因子
【基金】：现代农业产业技术体系专项资金(CARS-25-A-15) 国家自然科学基金(31272171) 黑龙江省杰出青年科学基金(JC201204) 黑龙江省大宗蔬菜新品种选育(GA15B103-1)共同资助
【分类号】：S641.2
【正文快照】： Phylogenetic Evolutionand Expression Analysis of NAC Gene Family inTomato(Solanum lycopersicum)Jiang Xiuming Niu Yiling Xu Xiangyang*Tomato Research Group,School of Horticulture,Northeast Agricultural University,Harbin,150030*Corresponding author,xxy709@

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本文编号：497925