硬骨鱼类核糖体基因间隔区的序列特征分析
发布时间:2017-06-29 16:07
本文关键词:硬骨鱼类核糖体基因间隔区的序列特征分析,由笔耕文化传播整理发布。
【摘要】:真核生物核糖体DNA(ribosomal DNA,简称r DNA)是由几十个甚至上万个高度串联重复序列组成的多基因家族,每个重复单元都包括编码区(18S、5.8S和28S)和非编码区(ITS1和ITS2)。间隔区ITS1和ITS2常被用于属级及以下阶元水平的系统关系研究。然而,越来越多的研究发现,这些串联重复序列并非完全一致,有些甚至存在个体内差异,这种基因组内ITS多态性的发现,使我们对ITS用于物种系统发育重建的适用性产生了质疑。因此,我们对Gene Bank中硬骨鱼类的10目ITS序列的长度和保守位点比例进行了统计分析,结果显示:ITS1长度范围为272~918bp,保守位点比例在各分类单元之间具有明显的区别,并且这种区别可以作为判断物种之间关系的特征。当序列之间保守位点比例为89.51%~100%时,为种内关系;在61.53%~81.36%范围时,为种间关系;在32.47%~58.87%范围时,为属间关系;而在1.62%~30.46%时,达到科间水平。而一些物种的保守位点比例超出此范围时,依据此标准判断就会产生偏差。ITS2的长度范围为128~694bp,保守位点比例在各分类阶元之间互相重合,在各分类阶元之间不存在明显的差异,因此该特征不能用于区分各阶元之间的关系。
【作者单位】: 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室;中国科学院大学;
【关键词】: 硬骨鱼类 ITS ITS 序列长度 序列保守位点比例 系统发育
【基金】:国家自然科学基金项目(31272273)~~
【分类号】:S917.4
【正文快照】: 核糖体基因是所有生物都普遍含有的多基因家族基因,在大多数真核生物中有几百个重复单元,这些重复单元位于一个或多个位点,并分布于一条或多条染色体上(Long et al,1980;Eickbush et al,2007)。每个重复单元都包括编码区与非编码区,其中编码区包括18S、5.8S和28S r RNA基因,而
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1 吴琴琴;基于DNA序列的功能位点识别[D];苏州大学;2010年
2 乐小兵;细菌重组修复酶系进化分析[D];南昌大学;2012年
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,本文编号:498460
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