柑橘青霉菌CYP51B基因和上游调控区克隆及生物信息学分析

发布时间：2017-07-27 03:20

  本文关键词：柑橘青霉菌CYP51B基因和上游调控区克隆及生物信息学分析

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【摘要】：【目的】克隆柑橘青霉菌(意大利青霉菌,Penicillium italicum)CYP51的同源基因,并对基因序列进行生物信息学分析。【方法】通过PCR及染色体步移技术得到基因的完整序列及上下游调控序列。通过生物信息学手段对基因的结构进行分析:使用NNPP分析软件预测转录起始位点,并利用TFSEARCH1.3软件分析转录因子结合位点。利用SWISS-MODEL在线软件对蛋白进行同源模建。【结果】克隆得到了意大利青霉菌CYP51的同源基因,命名为Pi CYP51B。获得的Pi CYP51B及上下游调控区序列总长为3 496 bp,包括上游910 bp和下游834 bp的序列。Pi CYP51B基因的开放阅读框全长1 575 bp,编码524个氨基酸。该基因含有3个分别为74、51、52 bp的内含子,分别位于247 bp与320 bp之间,519 bp与569 bp之间,1 635 bp与1 686 bp之间。Pi CYP51B 5′上游调控区序列的总长为579 bp。生物信息学分析结果显示:转录起始位点位于上游458 bp处;上游调控区不仅包含启动子的核心结构序列TATA盒(位于-25 bp处),也包含多个转录因子结合位点,如Abd-B、ADR1、AP-4、GATA-1、Cdx A、Clox和Oct-1等。在上游调控序列中嘌呤含量高,而且从+387 bp处开始存在4个连续高嘌呤含量的热激转录因子特异性结合位点(HSF);在+106 bp处开始存在3个连续的Cdx A转录因子结合位点。选用人CYP51晶体结构(PDB ID:3LD6)为模板,利用SWISS-MODEL在线软件构建了意大利青霉菌CYP51B蛋白的结构模型。【结论】克隆了意大利青霉Pi CYP51B基因,其上游含有多个热激应答转录因子特异性结合位点(HSF)表明其参与逆境应答。该基因作为意大利青霉菌CYP51的同源基因,可能与青霉菌对真菌药物的抗药性密切相关。
【作者单位】： 华中师范大学生命科学学院湖北省遗传与调控重点实验室;
【关键词】： 意大利青霉菌 Pi CYPB ′上游调控序列 同源模建
【基金】：国家自然科学基金项目(No.31371893,31071653,31101595)~~
【分类号】：S436.66;Q78
【正文快照】： 指状青霉(Penicillium digitatum)和意大利青霉(Penicillium italicum)引起的柑橘绿霉病和青霉病是柑橘采后加工、运输和贮存阶段的主要侵染性真菌病害,导致严重的经济损失[1-2]。甾醇14α-去甲基化酶(CYP51)是重要的药物靶标酶,该酶催化甾醇14α-去甲基化反应。麦角甾醇的减

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本文编号：579614