葡萄OVATE基因家族生物信息学及表达

发布时间：2017-08-02 18:18

  本文关键词：葡萄OVATE基因家族生物信息学及表达

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【摘要】：【目的】OVATE是一类调控植物生长发育的转录抑制因子,对葡萄OVATE基因家族(Vv OFPs)进行生物信息学和组织特异性表达分析,为该类基因的功能研究奠定基础。【方法】根据OVATE保守域蛋白序列(PF04844)对葡萄OVATE基因家族进行鉴定,利用生物信息学方法对葡萄OVATE基因家族染色体定位、基因结构、保守结构域、亚细胞定位等方面进行预测和分析,并分析葡萄和拟南芥OVATE基因家族的进化关系。采用实时荧光定量PCR技术检测Vv OFPs组织表达特性。【结果】葡萄OVATE基因家族包含17个成员,不均匀地分布在11条染色体上,均没有内含子结构,编码115—444个氨基酸,等电点4.55—9.69,均为亲水蛋白;所有蛋白均包含完整的OVATE保守结构域,亚细胞定位主要在细胞核中。根据进化树拓扑结构,将葡萄和拟南芥OVATE蛋白家族聚为六类(Ⅰ—Ⅵ),其中,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ类仅包含两个基因,Ⅰ、Ⅳ、Ⅵ类中Vv OFPs和At OFPs相互交错地聚类在一起;Vv OFPs和At OFPs共包含10个未知基序,保守元件1和2位于OVATE结构域区域,此外,在OVATE结构域外每个类别均包含特有基序。Vv OFPs具有组织表达特异性,12个基因在根、茎、叶、花和果实中均可以检测到表达,其余5个基因仅在特定组织中表达。多数Vv OFPs在根、嫩茎和花中表达量较高,在嫩叶和果实中仅检测到少数基因表达;Vv OFPs在不同发育期表达量存在差异,通常在开花前1周和开花期表达量较高,而花后4周果实中表达量较低。1对旁系同源基因表达模式相似,3对旁系同源基因产生了新的表达模式。【结论】葡萄OVATE结构域序列比较保守,其在不同组织中呈现出多种表达模式,推测其可能参与了葡萄生长发育的调控。
【作者单位】： 南京农业大学园艺学院;
【关键词】： 葡萄 OVATE基因家族 生物信息学 表达
【基金】：国家现代农业葡萄产业技术体系项目(CARS-30) 国家“948”重点项目(2016-X19) 淮安科技局葡萄新品种引进及设施栽培技术研究与应用项目(HAC2014019) 江苏省科技厅设施条件下葡萄高效栽培新技术研究与应用项目(SBE2014030811)
【分类号】：S663.1
【正文快照】： 0引言 【研究意义】OVATE是一类植物转录因子[1-5],调控植物生长发育的多个方面,包括胚囊和花粉发育[1]、次生细胞壁合成[5]以及果实形状[6-7]等。葡萄(Vitis L.)具有5 000多年的栽培历史[8],其保留着古老的开花植物的基因组结构,是非常有用的模式植物[9]。对葡萄OVATE基因家

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1 安新民,张上隆,徐昌杰;柑桔转化酶基因家族新成员的克隆和序列分析[J];上海交通大学学报(农业科学版);2003年01期

2 牛艳梅;沈文涛;周鹏;;Expansin超级家族的进化与命名[J];广东农业科学;2007年08期

3 魏云虎;张煜s，

本文编号：610625