毛竹bZIP转录因子的基因结构与进化分析

发布时间：2017-08-16 14:00

  本文关键词：毛竹bZIP转录因子的基因结构与进化分析

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【摘要】：以毛竹基因组数据库中的107个编码b ZIP转录因子的基因为材料,对其进行系统发育分析,筛选得到了A、D和S亚族的b ZIP家族成员,并对其基因结构、适应性进化、与水稻基因对之间的进化分歧时间及蛋白质同源建模等进行生物信息学分析。结果表明,毛竹A、D和S亚族共有47个b ZIP家族成员,其中A亚族18个,D亚族16个,S亚族13个。基因结构分析表明,3个亚族中内含子数量为0-16个,而且D亚族基因的内含子—外显子组成比A亚族和S亚族更为复杂。适应性进化分析表明,3个亚族总体上处于净化选择压力之下;A、D和S亚族的平均进化分歧时间分别为279.0,265.6和202.9 Mya;47个毛竹b ZIP蛋白质主要以α-螺旋为主,且D亚族的三级结构比A和S亚族复杂。
【作者单位】： 西南科技大学植物细胞工程实验室;四川省生物质资源利用与改性工程技术研究中心;
【关键词】： 毛竹 bZIP转录因子 生物信息学分析
【基金】：国家自然科学基金青年基金项目“超量表达NaSUSs基因对梁山慈竹纤维素生物合成调控效应的研究”(31400257) 四川省应用基础研究基金项目“4CL、CCoAOMT、C3H基因调控工业用竹的研究”(2013JY0182) 西南科技大学研究生创新基金项目“慈竹bZIP转录因子的克隆及其遗传转化研究”(15ycx084)
【分类号】：S795.7
【正文快照】： 碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper,b ZIP)转录因子是真核生物转录因子中分布最广泛、最保守的一类转录因子,其保守的b ZIP结构域由结合DNA的碱性区域和一个亮氨酸拉链的二聚化基序构成,根据其结构特点和功能可以将b ZIP转录因子家族划分为10个亚族,分为A、B、C、D、E、F、，

本文编号：683651