面向新一代基因测序数据的拼接算法综述

发布时间：2017-08-20 23:19

  本文关键词：面向新一代基因测序数据的拼接算法综述

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【摘要】：针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题。探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的优缺点和适用范围,其中包括基于贪心图算法、基于OLC图算法、基于De Bruijn图算法等,并根据不同的标准列举了几类拼接算法之间的差异性,最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议。
【作者单位】： 哈尔滨工业大学深圳研究生院智能感知与生物信息学创新团队;深圳信息职业技术学院软件学院;
【关键词】： 生物信息学 全基因组序列拼接 高通量基因测序
【基金】：2014年深圳市未来产业发展专项资金资助项目(CXZZ20140904154910774,JCYJ20140904154645958)
【分类号】：Q811.4
【正文快照】： 0引言生物信息学是一门新兴的交叉学科,它基于数学、统计学、信息学、计算机科学和分子生物学等多个学科,目的是发展和利用先进的计算技术解决生物难题。生物信息学的主要研究方向在分子生物学领域中,分子生物学是指研究DNA、RNA、蛋白质等大分子生物结构的形态、特征及其相互

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本文编号：709478