长白落叶松小RNA测序和其靶基因预测

发布时间：2017-08-23 05:21

  本文关键词：长白落叶松小RNA测序和其靶基因预测

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【摘要】：miRNA是近年来新发现的一种比较特殊的具有高度保守的小RNA,其在基因调控网络中扮演着重要的角色。本文借助Illumia测序平台,经过Solexa测序分析,对长白落叶松的miRNA进行了分析,最终筛选出了15 294 797条clean reads。比对结果显示,除去核糖体RNA(rRNA)2 991 972条、转运RNA(tRNA)65 264条、核内小RNA(snRNA)1 670条、核仁小RNA(snoRNA)467条等ncRNA以及重复序列6 421条,共获得未获得注释的miRNA12 229 003条,占总注释小RNA的79.96%。利用miRDeep2对未注释的小RNA进行miRNA的筛选,共得到78个新发现的miRNA,分别隶属于miR164、miR166、miR160、miR950、miR396家族。通过进一步对靶基因的注释分析共得到333个与其相对应的靶基因;其功能包括转录因子类,未知功能蛋白,离子结合蛋白,延长因子,信号转导,细胞壁或细胞膜的生物合成等调控植物生长发育过程。
【作者单位】： 东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室;
【关键词】： 小RNA 长白落叶松 miRNA 靶基因
【基金】：“863”国家高技术研究发展计划项目(2013AA102704) 中央高校基本科研业务费专项(2572016CA08;2572016AA36)
【分类号】：S791.22
【正文快照】： 小RNA是现如今研究的比较热门的长度在18~30个核苷酸(nt)的非编码RNA,主要在转录后水平调控其靶基因的表达,有转录子降解或者翻译被抑制的负调控和转录、翻译被激活的正调控的2种调控方式[1]。通过和其靶基因mRNA互补,引导沉默复合体(RISC)让mRNA沉默、降解、阻碍其翻译是其主

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本文编号：723220