甘蔗ScHTD2基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2017-08-25 03:40

本文关键词：甘蔗ScHTD2基因的克隆及生物信息学分析

【摘要】：D14是一类能够有效抑制水稻分蘖的水解酯酶,可能是独脚金内酯信号传导途径中的重要组分。为研究该基因在甘蔗分蘖性状中的功能,利用RT-PCR和RACE技术从甘蔗主栽品种ROC22中克隆出D14同源基因的c DNA全长,命名为Sc HTD2,并对其进行生物信息学分析。结果表明:Sc HTD2基因的c DNA全长为1 302 bp(KP137674.1),具有927 bp的开放阅读框,编码308个氨基酸;蛋白质分析表明,Sc HTD2为不稳定的水溶性非分泌蛋白,主要作用于氨基酸的生物合成或者作为生长因子调控生物生长发育。亚细胞定位于叶绿体,存在14个磷酸化位点,不存在乙酰化位点和信号肽。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,还有一些残基形成β-折叠和链延伸。保守结构域和三级结构预测均表明该蛋白包含一个α保守水解酶家族,属"D14-Like"或者"DAD2-Like"蛋白家族。推测Sc HTD2可能作为独脚金内酯调控甘蔗分蘖信号转导中一个具有催化特性的水解脂酶而起作用。进化树分析表明该蛋白与高粱、玉米等单子叶植物进化关系较近。
【作者单位】：云南农业大学农学与生物技术学院;云南省农业科学院甘蔗研究所云南省甘蔗遗传改良重点实验室;
【关键词】：甘蔗 独脚金内酯 ScHTD 克隆 生物信息学分析
【基金】：国家自然科学基金(No.31360359) 云南省中青年学术技术带头人后备人才(No.2014HB038) 云南省应用基础研究计划青年项目(No.2015FD063)
【分类号】：S566.1
【正文快照】： 中国食糖生产主要依靠甘蔗和甜菜作为原料,其中甘蔗糖占据了整个食糖产量的90%以上。甘蔗品种以有效茎作为收获产品,有效茎粗大而多是高产的重要指标,而大茎高产的关键则是在其分蘖期控制好分蘖芽的萌发[1]。分蘖芽的萌发,受多种因素控制,如环境、水肥、生长阶段,内部调控因子

【参考文献】

中国期刊全文数据库前4条

1 王闵霞;白玉路;王平;向跃武;蔡平钟;张志雄;;水稻Dwarf 14(D14)基因的生物信息学分析[J];西南农业学报;2014年04期

2 罗亚伟;吴建明;谢金兰;梁阗;许树宁;吴凯朝;;抗旱保水剂不同施用方法对甘蔗萌芽和分蘖的影响[J];中国糖料;2014年03期

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4 王威豪;王一丁;莫云川;叶燕萍;李杨瑞;;水分胁迫下喷施乙烯利对甘蔗分蘖及农艺性状的影响[J];广西农业科学;2007年02期

中国博士学位论文全文数据库前1条

1 叶燕萍;乙烯利促进甘蔗有效分蘖的生理生化机理研究[D];广西大学;2006年

【共引文献】

中国期刊全文数据库前10条

1 吴转娣;刘新龙;刘家勇;昝逢刚;赵培方;林秀琴;陈学宽;苏火生;刘洪博;吴才文;;甘蔗独脚金内酯生物合成基因ScCCD8的克隆与表达分析[J];中国农业科学;2016年14期

2 吕爱丽;李旭娟;刘洪博;吴才文;曾千春;刘新龙;;甘蔗ScHTD2基因的克隆及生物信息学分析[J];热带作物学报;2016年06期