利用基因组挖掘技术分析短短芽孢杆菌菌株GZDF3全基因组几丁质酶基因家族

发布时间：2017-08-26 14:12

  本文关键词：利用基因组挖掘技术分析短短芽孢杆菌菌株GZDF3全基因组几丁质酶基因家族

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【摘要】：本研究目的是利用全基因组挖掘技术分析短短芽胞杆菌GZDF3菌株中的几丁质酶基因家族。首先利用Bio Edit软件本地搜索短短芽孢杆菌GZDF3全基因组数据库中几丁质酶基因家族,然后采用在线分析及相应软件分析预测几丁质酶基因氨基酸组成、理化性质、信号肽、疏水性、二级结构等,并构建系统发育树。结果显示,短短芽孢杆菌GZDF3全基因组中预测共存在6个几丁质酶基因,编码6种不同结构类型的几丁质酶。6种几丁质酶均属于糖苷键水解酶第18家族。其中2种几丁质酶N端有信号肽序列和信号肽酶切位点;有2种几丁质酶为碱性蛋白,4种为酸性蛋白,6种均为亲水性蛋白。本研究揭示了短短芽孢杆菌菌株GZDF3基因组中有结构多样的几丁质酶,分析结果将为后续的基因克隆及功能研究提供参考。
【作者单位】： 贵州医科大学生物与工程学院;
【关键词】： 几丁质酶 短短芽孢杆菌 生物信息学 系统发育树
【基金】：贵州省中药现代化项目(No.黔科合成字[2013]5014) 贵州省科技厅联合基金项目(黔科合LH字[2014]7094)共同资助
【分类号】：Q936
【正文快照】： Genome Mining for Chitinase and Chitinase-like Gene Family in Brevib-%acillus brevis GZDF3Liu Hongmei*Li Yuquan Tao Xiaomai Zhao Jianli Zhou Jing Zhang Tingting Ye YuannongSchool of Biology and Engineering,Guizhou Medical University,Guiyang,550025*Corres

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本文编号：741853