基于转录组学测序的长白落叶松材性表达基因

发布时间：2017-10-06 07:36

  本文关键词：基于转录组学测序的长白落叶松材性表达基因

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【摘要】：基于边合成边测序(Sequencing By Synthesis,SBS)技术,使用Illumina Hi Seq2500高通量测序平台对长白落叶松c DNA文库进行测序。共获得非重复序列基因58 683条,总长度为55 283 938 bp。将得到的转录本使用BLAST软件将非重复序列基因序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG数据库比对,通过选择BLAST参数Evalue不大于10-5,最终获得29 350个有注释信息的基因序列,其中19 292个转录本注释GO编号,有9 112个转录本在COG数据库中被注释并分为25个功能分类,同时注释到120条KEGG代谢途径。在得到注释的转录本中搜索到木质素相关基因共68条,其中与木质素合成相关基因29条,与木质素分解代谢相关基因27条;找到了147条纤维素相关基因,其中与纤维素合成相关基因103条,与纤维素分解代谢相关基因44条。
【作者单位】： 林木遗传育种国家重点实验室(东北林业大学);
【关键词】： 长白落叶松 转录组 高通量测序 材性基因
【基金】：国家高技术研究发展计划(863计划)(2013AA102704)
【分类号】：S791.22
【正文快照】： 1)国家高技术研究发展计划(863计划)(2013AA102704)。com。通信作者:张含国,林木遗传育种国家重点实验室(东北林业大学),教授。E-mail:hanguozhang1@sina.com。转录组(Transcriptome)[1]广义上指在特定环境或生理条件下的一个细胞、组织或生物体中所有表达基因的总和。转录组

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本文编号：981543