猪博卡病毒GD6株的全基因序列及生物信息学分析

发布时间：2017-10-08 01:23

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【摘要】：为了解猪博卡病毒(PBo V)GD6株的生物信息学特征,应用生物信息学在线分析程序和生物信息学软件分析GD6株遗传进化关系,分析并预测病毒蛋白的理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过SWISS-MODEL程序预测NS1、VP1的三维空间结构。结果表明:GD6株与有蹄类动物博卡细小病毒5(Ungulate bocaparvovirus 5)在一个大分支,亲缘关系较近;NP1蛋白的不稳定系数为58.72,属于不稳定蛋白类,NS1,VP1和VP2蛋白属于稳定蛋白;PBo V的4种蛋白均为可溶性蛋白;二级结构预测显示4种蛋白均以无规则卷曲为主要结构;结构域分析显示,NS1蛋白拥有细小病毒NS1所具有的功能结构域,与病毒的复制有关;NP1含有多个磷酸化位点;综合多种方法分析预测VP1/VP2存在多个抗原表位。
【作者单位】： 惠州出入境检验检疫局技术中心;肇庆市动物卫生监督所;吉林出入境检验检疫局;湖南出入境检验检疫局;
【关键词】： 猪博卡病毒 序列分析 生物信息学分析
【基金】：国家质检总局项目(2014IK243)
【分类号】：S852.65
【正文快照】： 猪博卡病毒(porcine bocavirus,PBo V)属于细小病毒科、博卡病毒属,为单股线状无囊膜DNA病毒,基因组在5.2 kb左右[1],并且不同基因型间基因组大小差异较大[2-3]。包括4个开放阅读框(ORFs),编码2个非结构蛋白NS1和NP1,以及2个结构蛋白,即衣壳蛋白VP1和VP2[1],其中VP1和VP2存在

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本文编号：991211