一色齿毛菌锰过氧化物酶2基因克隆及生物信息学分析

发布时间：2017-10-08 04:00

  本文关键词：一色齿毛菌锰过氧化物酶2基因克隆及生物信息学分析

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【摘要】：锰过氧化物酶(manganese peroxidase,Mn P)是由一系列同功酶组成的木质素降解酶。我们前期工作克隆了一色齿毛菌(Cerrena unicolor)Mn P1基因序列。在此基础上,本研究采用简并PCR、染色体步移和RACE等技术对C.unicolor mnp2基因(Cu-mnp2)序列进行克隆。同时,采用生物信息学软件对Cu-mnp2的基因结构、Cu-Mn P2的蛋白质结构及多物种Mn Ps蛋白质序列的系统进化关系进行分析。克隆得到3 053 bp的Cu-mnp2 DNA序列(Gen Bank:JX270806.1)和1 429 bp的Cu-mnp2 c DNA序列(Gen Bank:JQ782580.1)。序列分析结果显示,Cu-mnp2 DNA序列包含14个外显子和13个内含子,启动子区域包含TATA-BOX、SP1和AP1等作用元件;Cu-mnp2 c DNA序列包含71 bp的5'UTR、230 bp的3'UTR以及1 128 bp的开放阅读框(ORF)。Cu-mnp2 ORF序列的BLAST比对结果表明,Cu-mnp2与Trametes versicolor FP-101664 SS1 mnp序列覆盖度为53%,序列相似性为65%;与Heterobasidion irregulare mnp、C.unicolor mnp1等c DNA序列都有较高的序列相似性。Cu-mnp2的ORF编码(Gen Bank:AFK91530.1)由340个氨基酸残基组成的多肽链(CuMn P2)。Cu-Mn P2蛋白质序列的BLAST比对和蛋白质三维结构均显示,Cu-Mn P2包含Mn2+、Ga2+、血红素及芳香底物结合位点。对包含Cu-Mn P1、Cu-Mn P2蛋白质序列在内的多物种Mn Ps蛋白质序列的系统发育分析表明,多物种的Mn Ps分为两大类群,分别为包含4个二硫键的短Mn Ps和包含5个二硫键的长Mn Ps。其中,Cu-Mn P1与Cu-Mn P2均属于短Mn Ps,Cu-Mn P2与Trametes versicolor Mr P的蛋白质序列亲缘关系最近。通过Cu-mnp2基因的克隆和序列分析,对继续研究C.uniclor的Mn P同工酶基因结构和功能奠定基础。
【作者单位】： 贵州大学林学院;东北林业大学林学院;
【关键词】： 一色齿毛菌 锰过氧化物酶 染色体步移 c DNA末端快速扩增(RACE) 生物信息学
【基金】：贵州大学引进人才项目(贵大人基合字(2015)No.67)资助~~
【分类号】：Q78;Q55
【正文快照】： 贵州大学引进人才项目(贵大人基合字(2015)No.67)资助*联系人Tel:18285193278;E-mail:chifengyucun@163.comReceived:August 27,2016;Revised:September 29,2016;Accepted:October 10,2016Supported by Guizhou University Project Introduction of Talent((2015)No.67)*Corre

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本文编号：991829