基于基因数据的疾病标志物识别
发布时间：2021-08-16 18:36
肝癌是世界上比较常见的恶性肿瘤之一,它的发病率以及病死率在世界范围内分别居于第6位和第3位。且其发生需要经过多个病理阶段,是一个涉及多基因、多因子共同参与的复杂过程。由于肝癌的发病率较高、转移性较强、目前的确诊及治疗方法有限等缺点,导致肝癌患者的治疗效果欠佳。所以,寻找新的疾病标志物、探究药物治疗靶点、研发新的药物成为当前医药研究的热点问题。目前,高通量测序技术以及基因芯片技术的快速发展能够从整个基因组或转录组水平出发来研究疾病的发生、发展,已广泛应用于一些疾病的基因表达谱分析、基因克隆和寻找疾病标志物等方面。通过筛选肝癌样本组织和正常样本组织基因表达谱中的差异表达基因,对差异表达的基因进行生物信息学分析,旨在为研究肝癌的发生发展及相关疾病标志物和药物治疗靶点提供有价值的信息。完成的工作如下:1.从GEO数据库中下载两组肝癌相关芯片原始数据并用R包进行背景矫正、标准化以及表达值计算处理,然后用Limma包进行差异表达基因筛选,共得807个差异表达的基因,其中上调的有496个,下调的有311个。使用DAVID对807个差异表达基因进行GO和KEGG分析,对同时在主要功能和信号通路上显著富...
【文章来源】：江南大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：43 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
差异表达基因的火山图，红色表示上调基因，蓝色表示下调基因
第二章基于GEO数据的肝癌致病标志物的研究9图2-2GO分析结果可视化2.2.3蛋白质互作网络及关键基因筛选为寻找与肝癌发生相关的关键基因，本研究对同时在GO功能和KEGG通路上显著富集的128个目标基因进行分析。使用STRING构建PPI网络，并用信息分析学软件Cytoscape对STRING数据库分析得出的相互作用网络中126个节点和678条相互作用表2.2差异表达基因的KEGG分析结果CategoryTermDescriptionCountFDRKEGGpathwayhsa01100Metabolicpathways1308.57E-12KEGGpathwayhsa04610Complementandcoagulationcascades241.09E-09KEGGpathwayhsa00830Retinolmetabolism211.34E-07KEGGpathwayhsa05204Chemicalcarcinogenesis221.68E-06KEGGpathwayhsa00380Tryptophanmetabolism151.75E-05KEGGpathwayhsa03320PPARsignalingpathway191.75E-05KEGGpathwayhsa00982Drugmetabolism-cytochromeP450192.26E-05KEGGpathwayhsa00071Fattyaciddegradation153.59E-05KEGGpathwayhsa01130Biosynthesisofantibiotics346.95E-05KEGGpathwayhsa00980MetabolismofxenobioticsbycytochromeP450199.48E-05KEGGpathwayhsa00140Steroidhormonebiosynthesis165.01E-04关系进行分析（如图2-4）。使用CytoHubba插件中的MCC算法计算网络中每个节点的最大团中心性（MaximalCliqueCentrality,MCC），筛选出最大团中心度排名前10的关键基因：CYP3A4、CYP2C9、CYP2B6、CYP1A2、CYP3A5、CYP1A1、CYP2E1、HSD17B6、AOX1、CYP2C8，这10个关键基因之间的相互作用网络及这10个基因与其他目标基因的相互作用网络如图2-5。
江南大学硕士学位论文10图2-3KEGG分析结果可视化2.2.4关键基因的表达水平对生存时间的影响使用KM-Plotter数据库及Oncolnc生存分析网站分别对10个关键基因进行生存曲线分析，研究这些关键基因与肝癌患者总生存期的预后价值。由KM-Plotter数据库进行图2-4PPI，红色表示上调基因，绿色表示下调基因生存分析得到CYP3A4（P=0.0017）、CYP2C9（P=3.2e-07）、CYP3A5（P=1.4e-05）、CYP2E1（P=0.0037）、HSD17B6（P=3.9e-05）和CYP2C8（P=0.00048）六个基因，生存曲线分析结果如图2-6。由Oncolnc生存分析网站进行生存分析得CYP3A4（P=0.0033）、
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于GEO数据库的胃癌耐药基因表达谱分析及其对预后的影响[J]. 胡国兴,余晓茹. 实用癌症杂志. 2018(01)
[2]CYP3A5基因多态性与终末期肾脏疾病患者使用钙拮抗剂降压疗效的关系[J]. 周君,陈菊. 临床肾脏病杂志. 2016 (02)
[3]新型胃癌肿瘤标志物研究进展[J]. 季善云,冯义朝. 临床医学. 2012(09)
[4]慢性乙型肝炎病毒感染对人肝细胞色素酶 P450 3A4的影响[J]. 李爽,胡卓汉,缪晓辉. 中华医学杂志. 2006(38)
博士论文
[1]肝癌病人肝微粒体中CYP450酶代谢活性的改变[D]. 周军.郑州大学 2016
硕士论文
[1]基于粒计算的生物复杂系统建模和网络结构分析[D]. 李阳.江南大学 2017
本文编号：3346185
【文章来源】：江南大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：43 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
差异表达基因的火山图，红色表示上调基因，蓝色表示下调基因
第二章基于GEO数据的肝癌致病标志物的研究9图2-2GO分析结果可视化2.2.3蛋白质互作网络及关键基因筛选为寻找与肝癌发生相关的关键基因，本研究对同时在GO功能和KEGG通路上显著富集的128个目标基因进行分析。使用STRING构建PPI网络，并用信息分析学软件Cytoscape对STRING数据库分析得出的相互作用网络中126个节点和678条相互作用表2.2差异表达基因的KEGG分析结果CategoryTermDescriptionCountFDRKEGGpathwayhsa01100Metabolicpathways1308.57E-12KEGGpathwayhsa04610Complementandcoagulationcascades241.09E-09KEGGpathwayhsa00830Retinolmetabolism211.34E-07KEGGpathwayhsa05204Chemicalcarcinogenesis221.68E-06KEGGpathwayhsa00380Tryptophanmetabolism151.75E-05KEGGpathwayhsa03320PPARsignalingpathway191.75E-05KEGGpathwayhsa00982Drugmetabolism-cytochromeP450192.26E-05KEGGpathwayhsa00071Fattyaciddegradation153.59E-05KEGGpathwayhsa01130Biosynthesisofantibiotics346.95E-05KEGGpathwayhsa00980MetabolismofxenobioticsbycytochromeP450199.48E-05KEGGpathwayhsa00140Steroidhormonebiosynthesis165.01E-04关系进行分析（如图2-4）。使用CytoHubba插件中的MCC算法计算网络中每个节点的最大团中心性（MaximalCliqueCentrality,MCC），筛选出最大团中心度排名前10的关键基因：CYP3A4、CYP2C9、CYP2B6、CYP1A2、CYP3A5、CYP1A1、CYP2E1、HSD17B6、AOX1、CYP2C8，这10个关键基因之间的相互作用网络及这10个基因与其他目标基因的相互作用网络如图2-5。
江南大学硕士学位论文10图2-3KEGG分析结果可视化2.2.4关键基因的表达水平对生存时间的影响使用KM-Plotter数据库及Oncolnc生存分析网站分别对10个关键基因进行生存曲线分析，研究这些关键基因与肝癌患者总生存期的预后价值。由KM-Plotter数据库进行图2-4PPI，红色表示上调基因，绿色表示下调基因生存分析得到CYP3A4（P=0.0017）、CYP2C9（P=3.2e-07）、CYP3A5（P=1.4e-05）、CYP2E1（P=0.0037）、HSD17B6（P=3.9e-05）和CYP2C8（P=0.00048）六个基因，生存曲线分析结果如图2-6。由Oncolnc生存分析网站进行生存分析得CYP3A4（P=0.0033）、
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于GEO数据库的胃癌耐药基因表达谱分析及其对预后的影响[J]. 胡国兴,余晓茹. 实用癌症杂志. 2018(01)
[2]CYP3A5基因多态性与终末期肾脏疾病患者使用钙拮抗剂降压疗效的关系[J]. 周君,陈菊. 临床肾脏病杂志. 2016 (02)
[3]新型胃癌肿瘤标志物研究进展[J]. 季善云,冯义朝. 临床医学. 2012(09)
[4]慢性乙型肝炎病毒感染对人肝细胞色素酶 P450 3A4的影响[J]. 李爽,胡卓汉,缪晓辉. 中华医学杂志. 2006(38)
博士论文
[1]肝癌病人肝微粒体中CYP450酶代谢活性的改变[D]. 周军.郑州大学 2016
硕士论文
[1]基于粒计算的生物复杂系统建模和网络结构分析[D]. 李阳.江南大学 2017
本文编号：3346185
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/shengwushengchang/3346185.html
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