胶质瘤恶性进展相关新基因研究

发布时间：2017-05-24 21:09

  本文关键词：胶质瘤恶性进展相关新基因研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】： 找出胶质瘤的致病基因，进行针对性的防治是彻底治愈这种顽疾的根本途径。利用基因芯片技术和生物信息学手段分析基因在系统水平的调控机制，是当前功能基因组学的重要研究手段，它明显优于过去的单一基因研究模式，可以在整体的、基因组的水平对基因的表达调控网络机制，进行系统、全面地分析，，最后找出在这个功能调控网络中的关键基因。本文利用生物信息学技术对我们建立的胶质瘤恶性进展相关基因表达谱和胶质瘤诱导分化相关基因表达谱作系统的聚类分析，并对候选基因作了初步的数据库检索和RT-PCR分析验证，最后挑选具有潜在应用价值的Tob基因在国内首次做基因克隆、表达载体构建和基因转染研究，初步证实Tob基因是一新发现的胶质瘤细胞增殖抑制基因，值得进一步全面研究其功能和进行实验性治疗研究。 第一部分 生物信息学筛选胶质瘤恶性进展相关新基因 目的：本研究首先利用生物信息学技术对已经建立的胶质瘤恶性进展和诱导分化2个胶质瘤相关基因表达谱作系统的聚类分析，并对候选基因作广泛的生物信息学数据库检索，目的在于筛选与肿瘤恶性进展相关的新基因，为进一步克隆其全长、研究其功能提供依据。方法：首先对基因表达谱做聚类分析，在数据分析时我们取双点之间的变异系数＜0.33的数据进行分析，以便尽量减少实验误差。又取2组比值差异均在2倍以上、双点之间变异系数＜0.33的基因，据此从2个基因表达谱数据中分别筛选出368和115个基因做聚类分析。分别从2个表达谱中得到17和11条基因，进一步做生物信息学数据库的检索，去分析它们对应的结构和功能。结果：从恶性进展表达谱中得到17条可能是在胶质瘤中有重要调控作用的基因，生物信息学分析可把它们分成两大类基因。第一类是从WHOⅡ级、WHO Ⅲ级、WHO Ⅳ级胶质瘤中表达逐步升高，有11条；另一大类则相反，是表达逐步递减的，有6条。从诱导分化表达谱中对差异2倍以上的115个基因作聚类分析，得到6大类不同表达模式的基因类别；进一步生物信息学分 胶质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 析表明，其中有n条基因的功能信息、与诱导分化关系密切，可能是这一过程的 关键基因。结论:生物信息学是分析基因表达谱的有力工具，可以很好的从表达 谱数据提取出与胶质瘤恶性进展和诱导分化相关的关键基因，本文利用这一先进 工具筛选出了28条可能是胶质瘤恶性进展过程中的关键基因供进一步研究。 第二部分半定量RT一pCR验证胶质瘤相关新基因的表达 利用基因芯片和生物信息、学手段从大量的基因中筛选肿瘤发生发展过程中 重要的新调控基因，是目前肿瘤功能基因组研究的一个重要研究方向。但是小样 本量的检测有时会出现一些假阳性和假阴性结果，因此很有必要抽取部分样本和 基因进行验证。本文利用半定量R于PCR检测了上文中筛选出来的28条基因中 的7条基因在胶质瘤组织中的表达情况，目的:一方面验证以前的基因芯片数据 的可靠性;另一方面通过对基因表达水平的半定量，进行横向的对比，希望能够 找出这些基因在不同级别胶质瘤中的表达规律，为进一步的功能研究提供依据。 方法:按照7条基因的GenBax水登录号，检索GenBank得到这些基因的全长cDNA 序列，然后设计相应的PCR引物，针对22例恶性胶质瘤病人的肿瘤组织作检测， 22例胶质瘤按照WHO分级其中I级3例，11级8例，m级7例，IV级4例， 最后利用SmartView电泳图像分析软件对各个基因在不同组织中的表达进行半 定量。结果:这些基因在这些肿瘤中的表达差异是有规律性的，和以前的基因 芯片结果基本一致。如X54304(肌球蛋白轻链)、AI264216(胆碱转运因子2) 都是随着恶性程度的进展而表达升高，而NM_0198%(DNA多聚酶plZ亚基)、 NM 0 1 5962(CGI一35蛋白)、AB037886(NESH蛋白)、D38305(TOb蛋白)、 M87507(半肤天冬酶1，CasPasel)都是随着恶性程度的进展而表达降低。结论: 我们对于基因芯片和生物信息学技术筛选到的7条基因作半定量RT-PCR分析， 证实我们使用的基因芯片是可靠的;同时显示这些基因在胶质瘤的恶性进展过程 中都发生了规律性的改变，信息学检索提示其中有些基因可能是肿瘤恶变的重要 调控因子。 第三部分新基因丁ob转染胶质瘤细胞的研究 按照上面工作的提示，我们选择了其中有应用前景的肿瘤抗增殖蛋白Tob基 因，作相应的基因克隆和表达载体构建，然后进一步作体外的基因转染等功能研 胶质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 究。目的:将这一基因在体外成功分离和克隆培养，并构建到表达载体中，以便 将来更好更方便地研究它的功能和调控机制，同时初步分析了它转染人类胶质瘤 细胞系SHG一44细胞后这种细胞从宏观到微观的改变，研究Tob基因在这一代表 性胶质瘤细胞系中的功能和作用，为下一步进行试验性治疗提供依据。方法:按 照Tob基因的GenBank登录号D38305，检索GenBank得到这个基因的cDNA序 列全长，依据蛋白质编码区的序列设计PCR引物，并在两端分别加上Kpnl和 Xbal酶切位点。从正常发育的3一5月龄的胎脑组织提取总RNA作Rl飞PCR。然 后利用相应内切酶和T4 DNA连接酶将上
【关键词】：胶质瘤 生物信息学 基因表达谱 聚类分析 Tob基因
【学位授予单位】：苏州大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2003
【分类号】：R730.2
【目录】：

• 中文摘要3-6
• 英文摘要6-16
• 背景资料16-23
• 第一部分 生物信息学筛选胶质瘤恶性进展相关新基因23-40
• 第二部分 半定量RT-PCR验证胶质瘤恶性进展相关新基因的表达40-47
• 第三部分 新基因Tob转染胶质瘤细胞的初步研究47-56
• 结论56-57
• 综述57-80
• 综述一、 生物信息学及其在肿瘤研究中的应用57-64
• 综述二、 基因表达谱的数据分析64-72
• 综述三、 神经肿瘤学的研究背景和未来发展72-80
• 附录80-92
• 附录一、 基因芯片实验方法80-84
• 附录二、 恶性进展相关基因表达谱数据84-86
• 附录三、 诱导分化基因表达谱数据86-92
• 英文缩略词表92-93
• 发表文章93-94
• 致谢94

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

1 孙继勇,黄强,王爱东,董军,邵耐远,兰青;胶质瘤恶性进展相关基因的生物信息学分析[J];癌症;2003年03期

2 孙立军,张全斌,黄强;三株分化程度不同的胶质瘤细胞的建立[J];实用肿瘤杂志;2002年03期

3 孙立军,黄强,王爱东,李晓楠,兰青,杜子威;应用差异显示技术克隆胶质瘤细胞诱导分化相关基因[J];中华神经外科杂志;2003年02期

4 孙继勇,黄强,王爱东,孙立军,董军,兰青;胶质瘤诱导分化相关基因的生物信息学分析[J];中华实验外科杂志;2003年04期

5 夏家辉,何云贵,曾志红,唐冬生,戴和平,潘乾,龙志高,廖晓东;人神经性耳聋多肽因子样基因克隆和表达分析[J];中华医学杂志;2000年05期

6 孙立军,黄强,王爱东,兰青,杜子威,胡赓熙;建立胶质瘤细胞诱导分化相关基因谱[J];中华肿瘤杂志;2002年03期

  本文关键词：胶质瘤恶性进展相关新基因研究，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：391968