真核生物非逆转录病毒内生化与进化基因组学研究

发布时间：2024-07-07 05:11

　　病毒是地球上目前所知的最古老、数量最多、适应性最强的生物实体(biological entities),代表着巨大、多样的新基因源,病毒进化因而很可能也影响到宿主的进化。研究病毒进化不仅可以了解病毒的多样性,预测和解释新病毒病的出现,而且可以深入认识病毒-宿主间的互作关系,揭示病毒-宿主之间遗传信息的交流。病毒基因组比较是研究病毒互作与进化的重要方式,但是常常会受到数据的限制,比如可用的病毒基因组数据量偏少,或着样本不具代表性。更重要的是,病毒没有化石,病毒进化研究只能局限在现存病毒上。由于逆转录病毒(retroviruses)能够发生基因组整合,在数百万年的进化历程中它们偶尔会内生化(endogenization)到宿主基因组中形成内源逆转录病毒(endogenous retroviruses)。这些内源病毒序列实际上代表着古老病毒基因组的“分子化石”,保留了古代病毒与宿主互作的重要信息,因此对研究病毒-宿主长期的互作与进化历史极为宝贵。此前一直认为非逆转录病毒通常并不能够发生基因组整合,形成“病毒化石”的例子就更加罕见。 本研究一方面立足于所在实验室长期研究的核盘菌(Sclerot...

【文章页数】：258 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图1.4假定的内源病毒因子形成过程及其与现存病毒的关系(Johnson，2010)

整合到宿主生殖细胞的染色体上，形成的前病毒能够以孟德尔的方式遗传给子代仍envenistectal，1974:Jae城seh，1976)，也即病毒DNA同化到宿主基因组中的过程称为内生化(endogeniZation)(Fesehotte，2010)(图1.4)，这也是....

图1.4论文研究技术路线图

病毒宿主范围广泛性和非逆转录病毒内生化现象，探讨病毒内生化机制、起源进化以及病毒与宿主在基因组水平_1:的互作与进化关系，揭示病毒在真核生物进化中的重要作用(图1.4)。核盘菌咧EST数据Jl侧戛.鹭忆鱼_遂鹭\/}病毒基因组!\数据库/\道丝复旦男~丝到l.P--握遭娜/r内源....

图2.25、RV一l二‘151之NAeDNA克隆策略和推定的基因组结构

图2.25、RV一l二‘151之NAeDNA克隆策略和推定的基因组结构A，红_色短线(A一J)表小川随机引物克隆到的序列，流色双向箭头(1一26)发小川RT一PCR和RLM一I认C克隆到的序列;B，长万框表小ORF，推定编码蛋犷l含了J一ss(+)RNA病，!i类甲病毒超到l)J....

图2.3M一和s一dsRNA推定的基因组结构比较

图2.3M一和s一dsRNA推定的基因组结构比较长方框表示ORF，实线表示非编码区，均按比例绘制;亮灰色区域和点划线指出S一dsRNA相对于M一dsRNA缺失的部分。“TCC”三核有酸重复所在的位置已标出。Fig.2.3SchematierePresentationofPredi....

本文编号：4003204