三维生物相关谱网络服务的构建
发布时间：2020-12-16 05:11
本课题组前期提出了一种基于分子形状相似性向量的分子描述符---三维生物相关谱（Three-Dimensional Biologically Relevant Spectrum,BRS-3D）,该描述符可用于基于配体的虚拟筛选、组合药物和多靶标药物的设计等领域。但是由于分子形状比较的计算量较大,无法实现实时计算,一直未能建立BRS-3D的在线计算平台。本论文通过总体架构设计、技术路线选取、前后端开发、项目部署上线和测试等步骤,完成BRS-3D网络服务的构建,提供对已经计算完成的近200多万种化合物BRS-3D的查询和用户给定的单个化合物BRS-3D的在线计算以及基于BRS-3D的分子相似性搜索。BRS-3D网络服务包含五大功能模块:化合物BRS-3D的查询、化合物BRS-3D在线计算、基于BRS-3D的分子相似性搜索、任务调度和用户管理。a)化合物BRS-3D的查询:用户通过提交给定化合物的Canonical SMILES或直接上传该化合物mol2格式的三维结构文件,即可在已完成计算的BRS-3D数据库中进行查询,结果可以CSV或JSON格式下载。b)化合物BRS-3D在线计算:若已计算...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
药物研发流程
将前期工作成果进行很好的保存，不论是网络服务使用者还是下一版开发者，都可以很方便地对其中内容进行调取使用。借助于本网络服务，用户可以从一个感兴趣的化合物出发，得到在蛋白质活性空间中该化合物的高维描述符，用户可以借助此结合机器学习等方法自行构建拟合和判别模型，加速后续虚拟筛选等工作。同时，用户还可以以点到面地得到在生物活性空间中与目标化合物具有较高相似度的一批化合物，用于后续的研究中。本项目源代码逻辑清晰，结构明了，具有令人满意的稳定性和较高的可移植性。创新点在于作者基于 BRS-3D 算法，采用 Node.js 平台配合 MongoDB 数据库，首次构建了 BRS-3D 多功能网络服务平台。在本服务中，作者通过需求调研，独立完成前后端开发，最终构建了一套全自动化合物 BRS-3D 在线计算流程。同时基于化合物的 BRS-3D 特征，构建了分子相似性搜索功能，可根据已知的活性化合物快速发现具有潜在活性的候选商品化合物，用于先导化合物的优化、“Me Too”药物设计等研究之中。用户可以将得到的这批化合物于自己的药物筛选策略相配合，为日后的药物研发打下坚实基础。
式化的时间组件：Moment.js。原生 JavaScript 提供了函数 Da使用起来非常繁琐。Moment.js 语法简洁易懂，可扩展http://momentjs.com/)可将时间封装成一个 moment 对象，传入多种形式进行构造。还可以使用 get 和 set 方法来对时间和日持时间加减、查询、验证等操作。ongoDB 数据库操作组件：Mongoose。Mongoose(https://www.m.js 平台下对 MongoDB 数据库进行操作的一个组件，也是在 B频率最高的组件之一。可以首先使用 connect 方法将 No建立连接。其次可以使用 mongoose 中的 schema 对文档的基，生成文档模板。然后通过定义好的文档模板生成数据库模型增、删、改、查等操作都是通过 model 对 MongoDB 进行操作中只有集合和文档，而 schema 和 model 都是定义和生成集合
本文编号：2919590
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
药物研发流程
将前期工作成果进行很好的保存，不论是网络服务使用者还是下一版开发者，都可以很方便地对其中内容进行调取使用。借助于本网络服务，用户可以从一个感兴趣的化合物出发，得到在蛋白质活性空间中该化合物的高维描述符，用户可以借助此结合机器学习等方法自行构建拟合和判别模型，加速后续虚拟筛选等工作。同时，用户还可以以点到面地得到在生物活性空间中与目标化合物具有较高相似度的一批化合物，用于后续的研究中。本项目源代码逻辑清晰，结构明了，具有令人满意的稳定性和较高的可移植性。创新点在于作者基于 BRS-3D 算法，采用 Node.js 平台配合 MongoDB 数据库，首次构建了 BRS-3D 多功能网络服务平台。在本服务中，作者通过需求调研，独立完成前后端开发，最终构建了一套全自动化合物 BRS-3D 在线计算流程。同时基于化合物的 BRS-3D 特征，构建了分子相似性搜索功能，可根据已知的活性化合物快速发现具有潜在活性的候选商品化合物，用于先导化合物的优化、“Me Too”药物设计等研究之中。用户可以将得到的这批化合物于自己的药物筛选策略相配合，为日后的药物研发打下坚实基础。
式化的时间组件：Moment.js。原生 JavaScript 提供了函数 Da使用起来非常繁琐。Moment.js 语法简洁易懂，可扩展http://momentjs.com/)可将时间封装成一个 moment 对象，传入多种形式进行构造。还可以使用 get 和 set 方法来对时间和日持时间加减、查询、验证等操作。ongoDB 数据库操作组件：Mongoose。Mongoose(https://www.m.js 平台下对 MongoDB 数据库进行操作的一个组件，也是在 B频率最高的组件之一。可以首先使用 connect 方法将 No建立连接。其次可以使用 mongoose 中的 schema 对文档的基，生成文档模板。然后通过定义好的文档模板生成数据库模型增、删、改、查等操作都是通过 model 对 MongoDB 进行操作中只有集合和文档，而 schema 和 model 都是定义和生成集合
本文编号：2919590
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