鼢鼠肠道细菌群落和多样性研究
发布时间：2021-06-24 13:25
哺乳动物肠道内存在着大量的细菌群落,其与宿主对食物资源的消化和吸收、能量代谢、免疫和肠道发育等生命活动密切相关。作为动物体内重要的“器官”,野生动物肠道菌群已经获得了越来越多的关注。鼢鼠属啮齿目鼹形鼠科鼢鼠亚科,主要通过挖掘洞道采食植物根系为生,是我国北方地区农田、草原及林区的主要地下害鼠之一。目前对鼢鼠对食物消化的研究主要集中在肠道组织结构等形态生理学方面,而肠道微生物的研究尚未报道。本文通过细菌16S rRNA的Illumina高通量测序技术,对不同地区的鼢鼠的盲肠细菌群落组成和多样性进行了研究,首先分析了甘肃鼢鼠肠道菌群结构和多样性,确定了甘肃鼢鼠肠道细菌群落的组成特征,其次探讨了地域、性别和季节三个因素对甘肃鼢鼠肠道细菌群落和多样性的影响,最后明确了高原鼢鼠、甘肃鼢鼠、罗氏鼢鼠和草原鼢鼠等四种鼢鼠肠道组成分布、群落结构与多样性。主要研究结果如下:一、甘肃鼢鼠肠道细菌群落组成的分布特征在门水平上,甘肃鼢鼠肠道菌群的核心菌为厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,二者之和占总肠道菌的88%左右;在科水平上,核心菌为瘤胃菌科（Ruminococcac...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
属水平上甘肃粉鼠肠道优势细菌分布的热图(右边:科类菌名称;左边:不同颜色对应的相对丰度;最下面:样品编号)
（3）雌雄鼠间β多样性差异分析为进一步了解肠道细菌群落结构在雌雄鼠间的差异性，基于加权的 UniFrac 距离矩进行 NMDS 分析，结果显示：雌性组样品在 NMDS 分析图中分布较聚集，样品间距接近，而雄性组样品分散，样品间距离较远，说明雌性甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构相性高，而雄性细菌群落结构在样品间差异较大（图 3-5）。表 3-1. 雌雄鼠间肠道细菌的样品 OTUs 和α多样性指数表Table 3-1. OTUs richness and diversity indices for Female and MaleSampleOTU数目OTUsα-多样性指数Alpha diversityChao1 指数Chao1 IndexAce 指数Ace Index辛普森指数Simpson Index香浓指数Shannon IndexFamle2772 1342.61±72.83 2037.88±157.92 0..99±0.00 8.44±0.18Male2666 1339.22±67.29 2110.71±170.44 0..99±0.00 8.56±0.12p0.446 0.973 0.762 0.704 0.622
性的分析解甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构在 6 县（区）的分布特征 NMDS 分析方法，通过对样本距离进行等级排序，使样之间的距离远近的关系，NMDS 分析中两点之间的距离结构相似度越高，差异越小。UniFrac 距离矩阵 NMD源县三县样品间距离接近，说明这三个县样品组间的肠县样品组内距离相对较小，说明海原县甘肃鼢鼠肠道细与彭阳县、隆德县和泾源县三县样品间距离较远，细菌品组内距离较大，细菌群落结构相似度低，没有规律
【参考文献】：
期刊论文
[1]鼢鼠挖掘活动及爪趾几何特征量化分析[J]. 王洪昌,涂鸣,刘念,曾荣,王忠民,佟金. 安徽农业科学. 2018(09)
[2]甘肃鼢鼠适应地下生活的消化道形态和结构的季节可塑性[J]. 王倩,杨佐娟,李金钢,何建平. 动物学杂志. 2016(04)
[3]高原鼢鼠的消化对策[J]. 张守栋,林恭华,杨传华,崔雪峰,覃雯,张同作,苏建平. 四川动物. 2014(05)
[4]基于16S rRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性[J]. 李志鹏,刘晗璐,崔学哲,荆祎,鲍坤,徐超,杨福合,李光玉. 动物营养学报. 2013(09)
[5]甘肃鼢鼠消化道的组织结构[J]. 王剑,樊魏伟,杨佐娟,何建平. 陕西师范大学学报(自然科学版). 2010(05)
[6]微生物菌群多样性分析方法的研究进展[J]. 许文涛,郭星,罗云波,黄昆仑. 食品科学. 2009(07)
[7]中华鼢鼠防治技术研究[J]. 周昱. 山西林业科技. 2006(03)
[8]林区啮齿动物群落管理中的生态阈值研究[J]. 韩崇选,杨学军,王明春,卜书海,张宏利,杨清娥. 西北林学院学报. 2005(01)
[9]笼养条件下甘肃鼢鼠夏秋季行为活动节律[J]. 李金钢,何建平,王廷正. 西北大学学报(自然科学版). 2003(02)
[10]主要啮齿动物的特异性研究[J]. 韩崇选,杨学军,王明春,杨清娥. 西北林学院学报. 2002(03)
博士论文
[1]社群环境下的短尾猴肠道微生物群落结构及适应进化[D]. 孙丙华.安徽大学 2016
[2]不同鼠种的肠道菌群在不同饮食结构干预中的组成改变[D]. 谷莉.中南大学 2014
[3]绵羊瘤胃主要纤维降解细菌的分离鉴定及不同氮源对其纤维降解能力的影响[D]. 刘占英.内蒙古农业大学 2008
硕士论文
[1]奶牛肠道微生物群落结构与多样性研究[D]. 高凤.河北工程大学 2017
[2]甘肃鼢鼠活动节律及其食性研究[D]. 王瑾.延安大学 2016
[3]黄土高原林地鼢鼠发生规律研究[D]. 辛晓辉.西北农林科技大学 2009
本文编号：3247183
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
属水平上甘肃粉鼠肠道优势细菌分布的热图(右边:科类菌名称;左边:不同颜色对应的相对丰度;最下面:样品编号)
（3）雌雄鼠间β多样性差异分析为进一步了解肠道细菌群落结构在雌雄鼠间的差异性，基于加权的 UniFrac 距离矩进行 NMDS 分析，结果显示：雌性组样品在 NMDS 分析图中分布较聚集，样品间距接近，而雄性组样品分散，样品间距离较远，说明雌性甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构相性高，而雄性细菌群落结构在样品间差异较大（图 3-5）。表 3-1. 雌雄鼠间肠道细菌的样品 OTUs 和α多样性指数表Table 3-1. OTUs richness and diversity indices for Female and MaleSampleOTU数目OTUsα-多样性指数Alpha diversityChao1 指数Chao1 IndexAce 指数Ace Index辛普森指数Simpson Index香浓指数Shannon IndexFamle2772 1342.61±72.83 2037.88±157.92 0..99±0.00 8.44±0.18Male2666 1339.22±67.29 2110.71±170.44 0..99±0.00 8.56±0.12p0.446 0.973 0.762 0.704 0.622
性的分析解甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构在 6 县（区）的分布特征 NMDS 分析方法，通过对样本距离进行等级排序，使样之间的距离远近的关系，NMDS 分析中两点之间的距离结构相似度越高，差异越小。UniFrac 距离矩阵 NMD源县三县样品间距离接近，说明这三个县样品组间的肠县样品组内距离相对较小，说明海原县甘肃鼢鼠肠道细与彭阳县、隆德县和泾源县三县样品间距离较远，细菌品组内距离较大，细菌群落结构相似度低，没有规律
【参考文献】：
期刊论文
[1]鼢鼠挖掘活动及爪趾几何特征量化分析[J]. 王洪昌,涂鸣,刘念,曾荣,王忠民,佟金. 安徽农业科学. 2018(09)
[2]甘肃鼢鼠适应地下生活的消化道形态和结构的季节可塑性[J]. 王倩,杨佐娟,李金钢,何建平. 动物学杂志. 2016(04)
[3]高原鼢鼠的消化对策[J]. 张守栋,林恭华,杨传华,崔雪峰,覃雯,张同作,苏建平. 四川动物. 2014(05)
[4]基于16S rRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性[J]. 李志鹏,刘晗璐,崔学哲,荆祎,鲍坤,徐超,杨福合,李光玉. 动物营养学报. 2013(09)
[5]甘肃鼢鼠消化道的组织结构[J]. 王剑,樊魏伟,杨佐娟,何建平. 陕西师范大学学报(自然科学版). 2010(05)
[6]微生物菌群多样性分析方法的研究进展[J]. 许文涛,郭星,罗云波,黄昆仑. 食品科学. 2009(07)
[7]中华鼢鼠防治技术研究[J]. 周昱. 山西林业科技. 2006(03)
[8]林区啮齿动物群落管理中的生态阈值研究[J]. 韩崇选,杨学军,王明春,卜书海,张宏利,杨清娥. 西北林学院学报. 2005(01)
[9]笼养条件下甘肃鼢鼠夏秋季行为活动节律[J]. 李金钢,何建平,王廷正. 西北大学学报(自然科学版). 2003(02)
[10]主要啮齿动物的特异性研究[J]. 韩崇选,杨学军,王明春,杨清娥. 西北林学院学报. 2002(03)
博士论文
[1]社群环境下的短尾猴肠道微生物群落结构及适应进化[D]. 孙丙华.安徽大学 2016
[2]不同鼠种的肠道菌群在不同饮食结构干预中的组成改变[D]. 谷莉.中南大学 2014
[3]绵羊瘤胃主要纤维降解细菌的分离鉴定及不同氮源对其纤维降解能力的影响[D]. 刘占英.内蒙古农业大学 2008
硕士论文
[1]奶牛肠道微生物群落结构与多样性研究[D]. 高凤.河北工程大学 2017
[2]甘肃鼢鼠活动节律及其食性研究[D]. 王瑾.延安大学 2016
[3]黄土高原林地鼢鼠发生规律研究[D]. 辛晓辉.西北农林科技大学 2009
本文编号：3247183
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