大麦黄矮病毒侵染小麦miRNA鉴定和特征分析

发布时间：2021-08-18 22:38

　　大麦黄矮病毒（barley yellow dwarf viruses, BYDVs）引起的小麦黄矮病严重威胁我国麦类生产,造成严重经济损失。植物中的miRNA调控植物生长发育、信号转导及对外界压力的反应,通过调控植物抗性基因的表达影响植物与病原物的互作。本研究对感染BYDV-GAV后3 d、7 d及健康对照的‘小偃6号’小麦样品进行miRNA测序,合并去冗余后分别得到99、96、95个已知的miRNA序列和806、809、1 024个新miRNA序列。对这些miRNA进行差异表达分析,BYDV-GAV侵染后3 d和7 d的小麦样品,与对照相比上调表达的miRNA数量分别为3个和7个,下调表达的为14个和12个。将差异表达的miRNA利用psRNATarget进行靶基因预测,共得到1 254个靶标基因。靶基因的KEGG和GO富集分析,进一步明确了其功能及作用通路。对14个病毒病症状相关的靶基因进行定量分析,结果表明随病毒侵染时间的延长,这些靶基因出现差异性表达,显示miRNA参与了寄主与病毒的互作。研究结果有助于揭示BYDV-GAV与寄主小麦的互作机理。 

【文章来源】：植物病理学报. 2020,50(06)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 miRNA测序样品准备
        1.2.2 RNA提取及miRNA测序
        1.2.3 miRNA注释及新miRNA预测
        1.2.4 miRNA差异表达分析
        1.2.5 差异表达miRNA靶基因预测及富集分析
        1.2.6 差异表达miRNA的qRT-PCR验证及靶基因表达分析
2 结果与分析
    2.1 miRNA测序结果
        2.1.1 miRNA测序数据统计
        2.1.2 miRNA的长度分布及碱基偏好性
        2.1.3 miRNA注释与新miRNA预测
        2.1.4 差异表达miRNA
        2.1.5 差异表达miRNA靶基因预测
        2.1.6 靶基因GO富集分析
        2.1.7 靶基因KEGG通路分析
    2.2 差异表达miRNA的RT-qPCR验证
    2.3 靶基因定量检测结果
3 讨论



本文编号：3350755