葡萄座腔菌病毒多样性与新型病毒分子生物学特性研究
发布时间：2021-09-24 17:48
中国梨的栽培面积和产量均居世界首位,但由葡萄座腔菌（Botryosphaeria dothidea）所引起的梨轮纹病在梨主产区的发生较为普遍,对梨产量、品质构成较大威胁,生产上对解决此问题的需求日益迫切。具有弱毒特性的真菌病毒具有潜在的生防价值,本研究以从我国梨轮纹病样中分离的B.dothidea为材料,开展B.dothidea携带病毒多样性研究,并对新鉴定出的真菌病毒分子生物学特性进行系统性研究,为深入了解来源于B.dothidea中的真菌病毒特性提供新的有用信息和完善真菌病毒分类系统提供试验支撑,并为梨病害绿色防治提供新的具有生防潜能的真菌病毒资源。主要研究结果如下:1.葡萄座腔菌病毒的多样性通过对来源于我国8个省的梨产区289个B.dothidea菌株的双链RNA（ds RNA）进行检测后,发现这些菌株在0.8-10.0 kb之间共携带有22种不同大小的ds RNA片段,说明这些菌株中携带有丰富的ds RNA病毒。其中在5.0-7.5 kbp范围内的ds RNA片段的携带率最高,为35.7%。其次为Bd CV1的基因组ds RNA,携带率为29.2%,然后是两条～2.0 kbp ...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：162 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
SsMYRV4介导的病毒在不同营养亲和性群体间的传播模式（Wuetal2017）
葡萄座腔菌病毒多样性与新型病毒分子生物学特性研究253.10高通量测序及分析3.10.1高通量测序和cDNA文库构建以两个混合菌株样本的总RNA为测序模板，在IlluminaHiSeqXTen测序仪上进行测序。两个样本分别送至北京百迈客公司（记为样本1）和上海派森诺公司（记为样本2）。首先通过使用试剂盒对总RNA进行处理以去除真菌核糖体RNA（rRNA），然后再进行RNA测序（图2.1）。图2.1高通量测序样品实验上机流程Fig.2.1Theflowchartofthedeepsequencing文库构建原理如下图（图2.2），得到的原始文库序列片段为reads，原始数据称为Rowdata在进行数据分析之前，首先需确保这些reads有足够高的质量，以保证后续分析的准确性。对数据进行严格的质量控制，并针对以下方式进行过滤：(1)去除含接头的reads；(2)去除低质量的reads，对带有5%以上的Ns和低于20%（Q20）碱基质量值的序列进行过滤，以获得高质量的测序序列；经过上述一系列质量控制之后得到的序列数据称为Cleandata。
华中农业大学2020届博士研究生学位（毕业）论文26图2.2cDNA文库构建流程Fig2.2TheflowchartofcDNAlibraryconstruction3.10.2宏病毒组生物信息学分析通过使用本实验室已有的生物信息分析流程对测序数据进行宏病毒组分析。基于有效数据（CleanData）进行拼接与组装、物种分类分析和病毒丰度分析（图2.3）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]梨轮纹病发生规律及防治措施[J]. 周占兵. 河北果树. 2018(Z1)
[2]来源于湖北省梨轮纹病菌中真菌病毒多样性检测及其分析[J]. 罗慧,胡旺成,王国平,王利平. 植物病理学报. 2019(01)
[3]梨树主要病害种类及防治措施[J]. 源朝政,郑明燕,高小峰,周晓静,王虹. 农业科技通讯. 2018(07)
[4]7种药剂防治梨轮纹病、黑星病和黑斑病的效果[J]. 叶长飞,温莉娜,林永红,阙祖尚,吴丽萍,柴荣耀. 浙江农业科学. 2016(02)
[5]43份山东地方梨种质资源对枝干轮纹病、腐烂病的抗性评价[J]. 魏树伟,张勇,王少敏. 落叶果树. 2016(01)
[6]拮抗放线菌KLBMP06061的鉴定及其对苹果轮纹病菌的抑菌作用[J]. 周小琪,曹成亮,丁盼,薛羚伟,刘贵友,蒋继宏. 江苏农业科学. 2015(12)
[7]梨轮纹病的防治方法[J]. 柴全喜,宋素智. 山西果树. 2015(04)
[8]合欢内生菌H8的分离、鉴定及其抗菌代谢物质研究[J]. 曲田丽,张淑颖,金玉兰. 华北农学报. 2015(01)
[9]梨黑斑病菌拮抗细菌的筛选鉴定及其拮抗活性的研究[J]. 杨晓蕾,钱国良,范加勤,胡白石,刘凤权. 南京农业大学学报. 2014(01)
[10]葡萄座腔菌Botryosphaeria dothidea侵染及其对苹果果实影响的组织细胞学研究[J]. 韩青梅,王婧群,林月莉,高小宁,康振生,黄丽丽. 菌物学报. 2014(01)
博士论文
[1]葡萄座腔菌侵染苹果枝条过程研究及一株低致病力菌株中病毒的鉴定[D]. 丁正.中国农业大学 2018
[2]梨轮纹病与干腐病的病原关系及轮纹病菌携带真菌病毒多样性研究[D]. 翟立峰.华中农业大学 2016
[3]小核盘菌多样性、致病力衰退机制及危害油菜的风险研究[D]. 杨丹.华中农业大学 2016
硕士论文
[1]陕西省苹果轮纹病病原菌鉴定与多样性研究[D]. 孙鑫垚.西北农林科技大学 2010
本文编号：3408177
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：162 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
SsMYRV4介导的病毒在不同营养亲和性群体间的传播模式（Wuetal2017）
葡萄座腔菌病毒多样性与新型病毒分子生物学特性研究253.10高通量测序及分析3.10.1高通量测序和cDNA文库构建以两个混合菌株样本的总RNA为测序模板，在IlluminaHiSeqXTen测序仪上进行测序。两个样本分别送至北京百迈客公司（记为样本1）和上海派森诺公司（记为样本2）。首先通过使用试剂盒对总RNA进行处理以去除真菌核糖体RNA（rRNA），然后再进行RNA测序（图2.1）。图2.1高通量测序样品实验上机流程Fig.2.1Theflowchartofthedeepsequencing文库构建原理如下图（图2.2），得到的原始文库序列片段为reads，原始数据称为Rowdata在进行数据分析之前，首先需确保这些reads有足够高的质量，以保证后续分析的准确性。对数据进行严格的质量控制，并针对以下方式进行过滤：(1)去除含接头的reads；(2)去除低质量的reads，对带有5%以上的Ns和低于20%（Q20）碱基质量值的序列进行过滤，以获得高质量的测序序列；经过上述一系列质量控制之后得到的序列数据称为Cleandata。
华中农业大学2020届博士研究生学位（毕业）论文26图2.2cDNA文库构建流程Fig2.2TheflowchartofcDNAlibraryconstruction3.10.2宏病毒组生物信息学分析通过使用本实验室已有的生物信息分析流程对测序数据进行宏病毒组分析。基于有效数据（CleanData）进行拼接与组装、物种分类分析和病毒丰度分析（图2.3）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]梨轮纹病发生规律及防治措施[J]. 周占兵. 河北果树. 2018(Z1)
[2]来源于湖北省梨轮纹病菌中真菌病毒多样性检测及其分析[J]. 罗慧,胡旺成,王国平,王利平. 植物病理学报. 2019(01)
[3]梨树主要病害种类及防治措施[J]. 源朝政,郑明燕,高小峰,周晓静,王虹. 农业科技通讯. 2018(07)
[4]7种药剂防治梨轮纹病、黑星病和黑斑病的效果[J]. 叶长飞,温莉娜,林永红,阙祖尚,吴丽萍,柴荣耀. 浙江农业科学. 2016(02)
[5]43份山东地方梨种质资源对枝干轮纹病、腐烂病的抗性评价[J]. 魏树伟,张勇,王少敏. 落叶果树. 2016(01)
[6]拮抗放线菌KLBMP06061的鉴定及其对苹果轮纹病菌的抑菌作用[J]. 周小琪,曹成亮,丁盼,薛羚伟,刘贵友,蒋继宏. 江苏农业科学. 2015(12)
[7]梨轮纹病的防治方法[J]. 柴全喜,宋素智. 山西果树. 2015(04)
[8]合欢内生菌H8的分离、鉴定及其抗菌代谢物质研究[J]. 曲田丽,张淑颖,金玉兰. 华北农学报. 2015(01)
[9]梨黑斑病菌拮抗细菌的筛选鉴定及其拮抗活性的研究[J]. 杨晓蕾,钱国良,范加勤,胡白石,刘凤权. 南京农业大学学报. 2014(01)
[10]葡萄座腔菌Botryosphaeria dothidea侵染及其对苹果果实影响的组织细胞学研究[J]. 韩青梅,王婧群,林月莉,高小宁,康振生,黄丽丽. 菌物学报. 2014(01)
博士论文
[1]葡萄座腔菌侵染苹果枝条过程研究及一株低致病力菌株中病毒的鉴定[D]. 丁正.中国农业大学 2018
[2]梨轮纹病与干腐病的病原关系及轮纹病菌携带真菌病毒多样性研究[D]. 翟立峰.华中农业大学 2016
[3]小核盘菌多样性、致病力衰退机制及危害油菜的风险研究[D]. 杨丹.华中农业大学 2016
硕士论文
[1]陕西省苹果轮纹病病原菌鉴定与多样性研究[D]. 孙鑫垚.西北农林科技大学 2010
本文编号：3408177
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