植物病原镰孢菌遗传多样性及系统发育研究
发布时间：2021-11-09 08:43
镰孢菌是重要的植物病原真菌之一,可引起多种植物发生病害。本研究以供试的尖镰孢菌菌株为研究对象,利用生物信息学方法分析尖镰孢菌全基因组SSR位点的分布特点,在此基础上开发SSR引物用来分析尖镰孢种内的SSR遗传多样性;以山西不同地区采集的镰孢菌株为研究对象,采用线粒体小亚基（mtSSUrDNA）和组蛋白H3（histone H3）两个基因序列探讨不同种的镰孢菌的系统发育关系。其主要研究结果如下:1.对7条已公布的尖镰孢菌染色体基因组序列进行生物信息学分析,结果表明:基因组中7条染色体共有860个SSR位点,平均每条染色体出现122个SSR位点,大约每44.2kb出现一个长度不小于18bp的SSR位点。其中四、五核苷酸重复为主要重复类型,占全部SSR的比例分别为23.84%和32.56%;435种重复基元的分布情况存在差异,基元为ACAA/TTGT出现次数最多,为33次,其次为CAAA/TTTG,出现32次。说明尖镰抱菌基因组中含有丰富的SSR位点,为Genomic-SSR标记在尖镰孢菌鉴别中的应用奠定了理论基础。2.采用SSR分子标记技术对尖镰孢菌进行遗传多样性分析,结果表明,60对SS...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
引物(GTAG)7和(TGATT)10对21株尖镰袍菌基因组DN人的S5R-PCR扩增效果
玻敝昙饬?呔?樱樱遥?校茫依┰鼋峁?木劾喾治觯崳?聚类分析结果表明（图２），尖镰孢菌菌株类群间总体遗传相似系数在０．?５６？０．?９５。??当遗传相似系数为０．?５６时，２１株尖镰孢菌可分成２个ＳＳＲ类群（ＳＳＲ?ｇｒｏｕｐｓ，ＳＧ）；当??相似系数为０．７０时，２１株尖镰孢菌可分成５个ＳＳＲ亚类群；当相似系数为０．９５时，??２１株尖镰孢菌可完全分开。表明尖镰孢菌基因组ＤＮＡ的ＳＳＲ区域具有遗传分化明显的??特点，全基因组ＳＳＲ标记技术是一种尖镰孢菌遗传分化研究的有效方法。??同一地理来源不同寄主，如分离自夏县的黄瓜９号和西瓜１３号菌株、祁县的茄子１??号和绿豆２号菌株、太谷的蚕豆５号和地豆６号菌株聚在不同的类群或亚类群（图２）；??同一寄主不同地理来源的菌株聚于不同类群，如分离自太谷候县番茄（１４号）与大同番??茄（１５号）分别聚在了?ＳＧ－１和ＳＧ－２中（图２）。另外，虽然分离自黄瓜的９号、１０??号、１１号和１２号聚在了不同类群，但来自夏县黄瓜９号和太原黄瓜１１号聚在一支上，??太谷黄瓜１０号和１２号聚在了一起；分离自运城棉花１７号和１９号菌株聚在一起
图２．２部分样品电泳图??Ｆｉｇｕｒｅ２．２?ｓａｍｐｌｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ??－３３?－??
【参考文献】：
期刊论文
[1]洋葱贮藏期干腐病致病镰刀菌的鉴定及室内药剂毒力测定[J]. 苏建红,郭成,张军高,漆永红,曹素芳,李敏权. 甘肃农业大学学报. 2016(05)
[2]尖孢镰刀菌基因组SSR位点分析[J]. 吕艺瑶,李新凤,王雪梅,王建明. 山西农业大学学报(自然科学版). 2016(03)
[3]基于IGS和Histone基因的我国芒果镰孢菌遗传多样性分析[J]. 吴丹妮,赵志慧,王艳红,周扬,姚毅恒,陆俊,吕国忠. 安徽农业科学. 2016(01)
[4]洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究[J]. 李满堂,张仕林,邓鹏,侯喜林,王建军. 园艺学报. 2015(06)
[5]甜瓜‘PMR6’抗白粉病基因的遗传及其定位研究[J]. 卢浩,王贤磊,高兴旺,宁雪飞,陈静,李冠. 园艺学报. 2015(06)
[6]尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立[J]. 李新凤,张作刚,王建明,高俊明,田宏先. 中国农业科学. 2014(20)
[7]基于多基因序列分析对尖孢镰孢菌古巴专化型(香蕉枯萎病菌)生理小种的鉴定[J]. 曾莉莎,吕顺,刘文清,赵志慧,王芳,周建坤,李洪波,陈石,杜彩娴. 菌物学报. 2014(04)
[8]系统发育基因组学研究进展[J]. 王章群,解增言,蔡应繁,舒坤贤,黄飞飞. 遗传. 2014(07)
[9]尖孢镰刀菌专化型及生理小种分子检测研究进展[J]. 张吉祥,凌键,谢丙炎,杨宇红. 中国农学通报. 2013(36)
[10]33株尖孢镰刀菌遗传多样性的ISSR分析[J]. 张述义,李新凤,韦晓艳,王建明. 生态学杂志. 2013(05)
博士论文
[1]中国部分Botryosphaeriaceae真菌的系统发育及模式种Botryosphaeria dothidea的遗传多样性研究[D]. 程燕林.中国林业科学研究院 2012
[2]中国小麦条锈菌分子群体遗传结构研究[D]. 陈长卿.西北农林科技大学 2008
[3]蛱蝶科遗传多样性及分子系统发育研究[D]. 张敏.山西大学 2008
[4]中国禾本科作物上镰孢菌属真菌分类的研究[D]. 赵志慧.沈阳农业大学 2008
[5]鱼类锥虫分类与系统发育研究[D]. 顾泽茂.中国科学院研究生院（水生生物研究所） 2007
[6]禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）致病力鉴定、毒素检测及其分子生物学研究[D]. 武爱波.华中农业大学 2005
[7]十字花科植物CYP86MF同源基因的结构、功能及进化关系的研究[D]. 王玲平.浙江大学 2004
[8]中国冬小麦主产区及云南丝核菌属真菌的遗传多样性研究[D]. 于金凤.山东农业大学 2003
硕士论文
[1]长白山自然保护区土壤真菌弯颈霉属真菌遗传多样性及分布规律研究[D]. 赵亭亭.辽宁师范大学 2015
[2]基于立枯丝核菌AG3全基因组序列的SSR标记发掘及浙江省水稻立枯丝核菌遗传多样性研究[D]. 王利红.杭州师范大学 2013
[3]季节性雪被对川西北亚高山草甸土壤真菌遗传特性的影响[D]. 郭军成.四川农业大学 2012
[4]直翅目昆虫Ubx和Wg基因的克隆与高级阶元系统发育关系[D]. 韩鸿雁.河北大学 2011
[5]基于COI和12S rRNA的蛩螽亚科分子进化研究[D]. 裘明.河北大学 2011
[6]番茄成熟相关NAC类基因的分离和功能初步鉴定与分析[D]. 钱春建.华中农业大学 2007
[7]北方地区地方品种牛线粒体DNA多态性和亲缘关系研究[D]. 王飞.吉林大学 2007
[8]苹果黑星病菌遗传多样性的SSR分析[D]. 董艳玲.西北农林科技大学 2005
[9]蝽科部分种类线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学研究[D]. 代金霞.陕西师范大学 2004
[10]中国水生半翅目部分昆虫线粒体Cytb基因的分子进化与系统学研究[D]. 李钢.陕西师范大学 2004
本文编号：3485004
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
引物(GTAG)7和(TGATT)10对21株尖镰袍菌基因组DN人的S5R-PCR扩增效果
玻敝昙饬?呔?樱樱遥?校茫依┰鼋峁?木劾喾治觯崳?聚类分析结果表明（图２），尖镰孢菌菌株类群间总体遗传相似系数在０．?５６？０．?９５。??当遗传相似系数为０．?５６时，２１株尖镰孢菌可分成２个ＳＳＲ类群（ＳＳＲ?ｇｒｏｕｐｓ，ＳＧ）；当??相似系数为０．７０时，２１株尖镰孢菌可分成５个ＳＳＲ亚类群；当相似系数为０．９５时，??２１株尖镰孢菌可完全分开。表明尖镰孢菌基因组ＤＮＡ的ＳＳＲ区域具有遗传分化明显的??特点，全基因组ＳＳＲ标记技术是一种尖镰孢菌遗传分化研究的有效方法。??同一地理来源不同寄主，如分离自夏县的黄瓜９号和西瓜１３号菌株、祁县的茄子１??号和绿豆２号菌株、太谷的蚕豆５号和地豆６号菌株聚在不同的类群或亚类群（图２）；??同一寄主不同地理来源的菌株聚于不同类群，如分离自太谷候县番茄（１４号）与大同番??茄（１５号）分别聚在了?ＳＧ－１和ＳＧ－２中（图２）。另外，虽然分离自黄瓜的９号、１０??号、１１号和１２号聚在了不同类群，但来自夏县黄瓜９号和太原黄瓜１１号聚在一支上，??太谷黄瓜１０号和１２号聚在了一起；分离自运城棉花１７号和１９号菌株聚在一起
图２．２部分样品电泳图??Ｆｉｇｕｒｅ２．２?ｓａｍｐｌｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ??－３３?－??
【参考文献】：
期刊论文
[1]洋葱贮藏期干腐病致病镰刀菌的鉴定及室内药剂毒力测定[J]. 苏建红,郭成,张军高,漆永红,曹素芳,李敏权. 甘肃农业大学学报. 2016(05)
[2]尖孢镰刀菌基因组SSR位点分析[J]. 吕艺瑶,李新凤,王雪梅,王建明. 山西农业大学学报(自然科学版). 2016(03)
[3]基于IGS和Histone基因的我国芒果镰孢菌遗传多样性分析[J]. 吴丹妮,赵志慧,王艳红,周扬,姚毅恒,陆俊,吕国忠. 安徽农业科学. 2016(01)
[4]洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究[J]. 李满堂,张仕林,邓鹏,侯喜林,王建军. 园艺学报. 2015(06)
[5]甜瓜‘PMR6’抗白粉病基因的遗传及其定位研究[J]. 卢浩,王贤磊,高兴旺,宁雪飞,陈静,李冠. 园艺学报. 2015(06)
[6]尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立[J]. 李新凤,张作刚,王建明,高俊明,田宏先. 中国农业科学. 2014(20)
[7]基于多基因序列分析对尖孢镰孢菌古巴专化型(香蕉枯萎病菌)生理小种的鉴定[J]. 曾莉莎,吕顺,刘文清,赵志慧,王芳,周建坤,李洪波,陈石,杜彩娴. 菌物学报. 2014(04)
[8]系统发育基因组学研究进展[J]. 王章群,解增言,蔡应繁,舒坤贤,黄飞飞. 遗传. 2014(07)
[9]尖孢镰刀菌专化型及生理小种分子检测研究进展[J]. 张吉祥,凌键,谢丙炎,杨宇红. 中国农学通报. 2013(36)
[10]33株尖孢镰刀菌遗传多样性的ISSR分析[J]. 张述义,李新凤,韦晓艳,王建明. 生态学杂志. 2013(05)
博士论文
[1]中国部分Botryosphaeriaceae真菌的系统发育及模式种Botryosphaeria dothidea的遗传多样性研究[D]. 程燕林.中国林业科学研究院 2012
[2]中国小麦条锈菌分子群体遗传结构研究[D]. 陈长卿.西北农林科技大学 2008
[3]蛱蝶科遗传多样性及分子系统发育研究[D]. 张敏.山西大学 2008
[4]中国禾本科作物上镰孢菌属真菌分类的研究[D]. 赵志慧.沈阳农业大学 2008
[5]鱼类锥虫分类与系统发育研究[D]. 顾泽茂.中国科学院研究生院（水生生物研究所） 2007
[6]禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）致病力鉴定、毒素检测及其分子生物学研究[D]. 武爱波.华中农业大学 2005
[7]十字花科植物CYP86MF同源基因的结构、功能及进化关系的研究[D]. 王玲平.浙江大学 2004
[8]中国冬小麦主产区及云南丝核菌属真菌的遗传多样性研究[D]. 于金凤.山东农业大学 2003
硕士论文
[1]长白山自然保护区土壤真菌弯颈霉属真菌遗传多样性及分布规律研究[D]. 赵亭亭.辽宁师范大学 2015
[2]基于立枯丝核菌AG3全基因组序列的SSR标记发掘及浙江省水稻立枯丝核菌遗传多样性研究[D]. 王利红.杭州师范大学 2013
[3]季节性雪被对川西北亚高山草甸土壤真菌遗传特性的影响[D]. 郭军成.四川农业大学 2012
[4]直翅目昆虫Ubx和Wg基因的克隆与高级阶元系统发育关系[D]. 韩鸿雁.河北大学 2011
[5]基于COI和12S rRNA的蛩螽亚科分子进化研究[D]. 裘明.河北大学 2011
[6]番茄成熟相关NAC类基因的分离和功能初步鉴定与分析[D]. 钱春建.华中农业大学 2007
[7]北方地区地方品种牛线粒体DNA多态性和亲缘关系研究[D]. 王飞.吉林大学 2007
[8]苹果黑星病菌遗传多样性的SSR分析[D]. 董艳玲.西北农林科技大学 2005
[9]蝽科部分种类线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学研究[D]. 代金霞.陕西师范大学 2004
[10]中国水生半翅目部分昆虫线粒体Cytb基因的分子进化与系统学研究[D]. 李钢.陕西师范大学 2004
本文编号：3485004
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