稻曲病菌菌株GZ-14-07中携带的全病毒基因组特征研究

发布时间：2021-11-09 09:34

　　稻曲病菌是引起真菌类病害水稻稻曲病的病原。从稻曲病菌菌株GZ-14-07中分离到一株真菌病毒,命名为Ustilaginoidea virens RNA virus 6（UvRV6）,对其进行了序列分析。通过CF-11纤维素粉法提取菌株GZ-14-07中的真菌病毒UvRV6,采用随机引物扩增法获得UvRV6的全长基因组序列,使用DNAMAN、BlastP和MEGA等软件对UvRV6的全长序列进行拼接、比对和系统进化树分析。研究发现UvRV6全基因组长度为5 043个碱基,GC为48.8%,UvRV6基因组序列中存在两个开放阅读框（ORF1和ORF2）,ORF1长2 280个碱基,编码760个氨基酸（79.6 kD）,ORF2长2 385个碱基,编码830个氨基酸（91.5 kD）。ORF1和ORF2编码的蛋白,分别与全病毒科维多利亚属真菌病毒成员的衣壳蛋白和依赖于RNA的RNA聚合酶显著出较高的相似性。另外,UvRV6的ORF1和ORF2之间有一个AUGA序列,在AUGA序列上游存在一段能形成一个H型的假节序列,这两个序列元件的存在使UvRV6两个开放阅读框（ORF1和ORF2）能通过翻... 

【文章来源】：生物技术通报. 2020,36(10)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

菌株GZ-14-07的1%琼脂糖凝胶电泳检测图

UvRV6含有两个开放阅读框(ORF1和ORF2)(图3)。ORF1起始于第222位碱基,终止于第2 505位的UGA密码子,全长2 280个碱基,编码760个氨基酸(79.6 kD)。ORF2起始于第2 502位的AUG密码子,终止于第4 991位碱基,全长2 385个碱基,编码830个氨基酸(91.5 kD)。5"和3"末端非翻译区分别长222个碱基和52 个碱基。通过BlastP比对分析显示ORF1与全病毒科维多利亚属病毒的衣壳蛋白(CP)有很高的相似性,尤其是与Ustilaginoidea virens RNA virus 3(UvRv3)的衣壳蛋白(CP)的同源性达到73%;ORF2与全病毒科维多利亚属病毒的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)有显著的相似性,跟UvRV3的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)同源性高达75%。因此,UvRV6的ORF1编码病毒的衣壳蛋白(CP),ORF2编码病毒的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp),UvRV6是全病毒科维多利亚属中的一员。四核苷酸(AUGA)将ORF1和ORF2连接起来,它包含ORF1的终止密码子(UGA)和ORF2的起始密码子(AUG),在全病毒科维多利亚属中这4个核苷酸(AUGA),能启动一种叫翻译终止后又重新启动翻译(Termination and reinitiation)的机制使ORF1和ORF2被融合成一个大的开放阅读框(ORF)(图3)。图3 UvRV6的翻译终止后又重新启动翻译机制

UvRV6的翻译终止后又重新启动翻译机制

【参考文献】：
期刊论文
[1]稻曲病菌成灾机制与防控技术研究进展[J]. 胡东维,梁五生,赖朝晖.  植物保护. 2018(01)
[2]稻曲病病粒形成过程及对健粒的影响[J]. 王兴国,汤洪涛,杨勤莲.  植物保护. 1989(05)



本文编号：3485079