虹彩病毒6与稻飞虱以及其他生物间的基因水平转移
发布时间：2021-12-24 14:53
随着各物种基因组的不断测定,近些年来越来越多的报道揭示不同寄生生物与其真核生物寄主之间存在基因水平转移（Horizontal transfer of genetic materials,HT）现象,跨物种的HT对寄生生物及其寄主进化有重要作用。转座元件（Transposable element,TE）是一种能够在宿主基因组中移动的DNA片段,目前一般认为大部分的HT事件在TE水平上发生。稻飞虱（灰飞虱Laodelphax striatellus,褐飞虱Nilaparvata lugens,和白背飞虱Sogatella furcifera）是亚洲水稻上的重要害虫,其危害方式主要为直接取食为害和传播重要的水稻病毒,对水稻的安全生产造成严重威胁。本研究利用已报道的三种稻飞虱基因组及目前已知的所有病毒序列,在稻飞虱基因组中鉴定了一段与虹彩病毒属（Iridovirus）病毒高度同源且高拷贝的DNA序列。这些病毒序列位于虹彩病毒6（Invertebrate Iridescent virus 6,IIV-6）的开放阅读框353L和354L的位置（157,843-158,142）,以正义或反义方向插入...
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
稻飞虱中类似IIV-6序列的鉴定
图 2.2 RPSLS 序列在稻飞虱转录组以及基因组中的位置。黑线表示的是稻飞虱的 contig/scaffold,带有箭头的绿线表示稻飞虱的转录本及其方向，绿色方框代表昆虫转录本中的 ORF，ORF 的注释如图中所示，红色或者蓝色方框代表正向或者反向插入的 RPSLS，红色箭头对表示用于 RPSLS 检测的引物位置。Figure.2.2 Distribution of RPSLS (353L, 354L) within planthopper genomes. Black lines indicatecontigs/scaffolds of the planthopper. Green lines with arrows indicate transcripts of planthoppers and theirdirection. Green boxes represent the predicted ORF within insect transcripts. The annotation of thepredicted ORF is indicated above. Red and blue boxes represent the transcripts of RPSLS with R and Lstrands, respectively. Red arrow pairs indicate primer sets used for RT-PCR detection of RPSLS.
图 2.3 RPSLS 序列在褐飞虱中的表达分析。(A)使用 qRT-PCR 检测褐飞虱转录本中的 RPSLS。(B)RPSLS 在褐飞虱不同发育阶段的表达。使用褐飞虱的 18S 基因作为内参。误差线采用的是三次重复的标准偏差。Figure.2.3 Expression of planthopper RPSLS. (A) qRT-PCR detection of planthopper transcriptscontaining RPSLS. (B) Expression of RPSLS at different developmental stages of N. lugens. The 18S geneof N. lugens was used as an internal control for normalization. Error bars represent the standard deviationusing three replicates.
【参考文献】：
期刊论文
[1]白背飞虱稻田防治指标调查研究[J]. 李杰. 现代农业科技. 2018(09)
[2]动物病毒学家——殷震[J]. 青宁生. 微生物学报. 2018(05)
[3]动物类群中水平基因转移的研究进展[J]. 段昕妤,肖蘅,陈善元. 生命科学研究. 2017(04)
[4]关于“分子遗传学”若干问题的讨论[J]. 蔡绍京,宋远见. 生物学通报. 2016(09)
[5]白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响[J]. 赵美霞,张彪,刘胜毅,马渐新. 遗传. 2013(08)
[6]海南岛库蚊和伊蚊基因组弹状病毒核蛋白内生病毒片段的鉴定和特征描述[J]. 蔡群芳,李淑琴,黄用豪. 海南医学. 2012(09)
[7]家蚕核型多角体病毒水平转移基因分析[J]. 段海蓉,丘德彬,贡成良,黄茉莉. 遗传. 2011(06)
[8]基因水平转移的评判方法和转移方式研究进展[J]. 李志江,李海权,刁现民. 遗传. 2008(09)
[9]海藻发酵饲料可提高鱼贝抵抗力[J]. 宁波农业科技. 2008(02)
[10]海藻发酵饲料可提高鱼贝抵抗力[J]. 宁波农业科技. 2008 (02)
硕士论文
[1]未知逆转录病毒在蝙蝠与鲸基因组中的发现[D]. 王丽娜.华东师范大学 2013
本文编号：3550685
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
稻飞虱中类似IIV-6序列的鉴定
图 2.2 RPSLS 序列在稻飞虱转录组以及基因组中的位置。黑线表示的是稻飞虱的 contig/scaffold,带有箭头的绿线表示稻飞虱的转录本及其方向，绿色方框代表昆虫转录本中的 ORF，ORF 的注释如图中所示，红色或者蓝色方框代表正向或者反向插入的 RPSLS，红色箭头对表示用于 RPSLS 检测的引物位置。Figure.2.2 Distribution of RPSLS (353L, 354L) within planthopper genomes. Black lines indicatecontigs/scaffolds of the planthopper. Green lines with arrows indicate transcripts of planthoppers and theirdirection. Green boxes represent the predicted ORF within insect transcripts. The annotation of thepredicted ORF is indicated above. Red and blue boxes represent the transcripts of RPSLS with R and Lstrands, respectively. Red arrow pairs indicate primer sets used for RT-PCR detection of RPSLS.
图 2.3 RPSLS 序列在褐飞虱中的表达分析。(A)使用 qRT-PCR 检测褐飞虱转录本中的 RPSLS。(B)RPSLS 在褐飞虱不同发育阶段的表达。使用褐飞虱的 18S 基因作为内参。误差线采用的是三次重复的标准偏差。Figure.2.3 Expression of planthopper RPSLS. (A) qRT-PCR detection of planthopper transcriptscontaining RPSLS. (B) Expression of RPSLS at different developmental stages of N. lugens. The 18S geneof N. lugens was used as an internal control for normalization. Error bars represent the standard deviationusing three replicates.
【参考文献】：
期刊论文
[1]白背飞虱稻田防治指标调查研究[J]. 李杰. 现代农业科技. 2018(09)
[2]动物病毒学家——殷震[J]. 青宁生. 微生物学报. 2018(05)
[3]动物类群中水平基因转移的研究进展[J]. 段昕妤,肖蘅,陈善元. 生命科学研究. 2017(04)
[4]关于“分子遗传学”若干问题的讨论[J]. 蔡绍京,宋远见. 生物学通报. 2016(09)
[5]白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响[J]. 赵美霞,张彪,刘胜毅,马渐新. 遗传. 2013(08)
[6]海南岛库蚊和伊蚊基因组弹状病毒核蛋白内生病毒片段的鉴定和特征描述[J]. 蔡群芳,李淑琴,黄用豪. 海南医学. 2012(09)
[7]家蚕核型多角体病毒水平转移基因分析[J]. 段海蓉,丘德彬,贡成良,黄茉莉. 遗传. 2011(06)
[8]基因水平转移的评判方法和转移方式研究进展[J]. 李志江,李海权,刁现民. 遗传. 2008(09)
[9]海藻发酵饲料可提高鱼贝抵抗力[J]. 宁波农业科技. 2008(02)
[10]海藻发酵饲料可提高鱼贝抵抗力[J]. 宁波农业科技. 2008 (02)
硕士论文
[1]未知逆转录病毒在蝙蝠与鲸基因组中的发现[D]. 王丽娜.华东师范大学 2013
本文编号：3550685
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/dzwbhlw/3550685.html
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